More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05092 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05092  transcriptional regulator  100 
 
 		 245 aa  510  1e-144  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  93.47 
 
 		 299 aa  486  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  88.57 
 
 		 299 aa  467  1.0000000000000001e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  73.06 
 
 		 311 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  55.51 
 
 		 300 aa  298  4e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  53.78 
 
 		 304 aa  280  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  50.61 
 
 		 300 aa  274  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 306 aa  272  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  50.62 
 
 		 300 aa  262  3e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 296 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 295 aa  187  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 303 aa  184  8e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.13 
 
 		 298 aa  175  5e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.33 
 
 		 302 aa  167  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.73 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 328 aa  166  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.82 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.15 
 
 		 299 aa  155  4e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1079  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 205 aa  155  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435292 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.44 
 
 		 335 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  34.73 
 
 		 299 aa  153  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0905  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 		 295 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.227995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  34.73 
 
 		 299 aa  153  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  36.28 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 298 aa  152  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004083  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01389  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 306 aa  150  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 362 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 301 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 301 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 		 320 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.18 
 
 		 302 aa  148  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 313 aa  148  7e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 304 aa  148  8e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  147  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 304 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 298 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 298 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  32.38 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  34.33 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 301 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 350 aa  146  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 300 aa  146  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 299 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 313 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 301 aa  145  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 304 aa  145  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 327 aa  145  8.000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 304 aa  144  9e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  33.76 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  33.76 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 301 aa  143  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 327 aa  143  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 294 aa  142  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 313 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 301 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 317 aa  142  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 327 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>