More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_2987 on replicon NC_008061
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_4891  LysR family transcriptional regulator  99.35 
 
 
306 aa  610  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5379  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
306 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2987  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
306 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  86.56 
 
 
306 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3755  LysR family transcriptional regulator  68.32 
 
 
318 aa  401  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.984554  normal  0.0106865 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4701  transcriptional regulator, LysR family  58.56 
 
 
296 aa  323  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0587267  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2378  transcriptional regulator, LysR family  52.68 
 
 
300 aa  301  1e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.550059  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 
305 aa  232  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
294 aa  220  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
294 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
294 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
297 aa  214  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
294 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
297 aa  211  9e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
304 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 
296 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
296 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 
335 aa  200  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.46 
 
 
302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
298 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.25 
 
 
307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 
307 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
306 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
308 aa  194  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
313 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
299 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  35.86 
 
 
297 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
302 aa  192  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2836  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
306 aa  192  7e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.79 
 
 
298 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 
298 aa  191  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 
298 aa  190  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
297 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
300 aa  189  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
297 aa  189  4e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
303 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
303 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
312 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  36.27 
 
 
309 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
321 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4623  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
315 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.570776 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 
308 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
310 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
309 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 
301 aa  187  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
303 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 
308 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
305 aa  186  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
303 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 
299 aa  186  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 
299 aa  186  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
311 aa  185  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 
327 aa  185  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 
304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 
323 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 
323 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
303 aa  182  6e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  34.55 
 
 
306 aa  182  6e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 
308 aa  182  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
296 aa  182  7e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.45 
 
 
305 aa  182  7e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.44 
 
 
309 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
302 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  31.63 
 
 
330 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
351 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4019  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 
295 aa  180  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  33.33 
 
 
351 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
351 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
351 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 
303 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
351 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
304 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
304 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
303 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
303 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
295 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
351 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
351 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1711  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.530913  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 
309 aa  179  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
303 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
302 aa  179  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5120  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
299 aa  179  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 
297 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
351 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  33.89 
 
 
307 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
294 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
294 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
294 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  34 
 
 
302 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  34 
 
 
302 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>