More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0807 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0807  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  623  1e-177  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3911  LysR family transcriptional regulator  57.7 
 
 		 311 aa  356  2.9999999999999997e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.954756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4290  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 308 aa  346  3e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0259  LysR family transcriptional regulator  53 
 
 		 330 aa  297  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  43 
 
 		 312 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 312 aa  218  7e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 312 aa  218  8.999999999999998e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 310 aa  199  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 351 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 351 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 351 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 351 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 351 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 351 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 351 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 351 aa  185  9e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  36.69 
 
 		 367 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 362 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  38.26 
 
 		 355 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.51 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 349 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 349 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 349 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 349 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 349 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 349 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 349 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 353 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 318 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  36.91 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.91 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 313 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 313 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1864  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.708451  normal  0.0358907 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4797  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0282773  hitchhiker  0.00000720419 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 355 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 312 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 312 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 313 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3493  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 310 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.911238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2557  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 327 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3740  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.163769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4214  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.383155 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4285  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.300927 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  35.26 
 
 		 323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2278  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2866  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.50633 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2435  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4325  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4041  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4426  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3964  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 322 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0669221  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1681  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 315 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446962  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1210  putative transcriptional regulator  35.14 
 
 		 317 aa  162  7e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4120  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 323 aa  162  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0596  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 336 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0872  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 336 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1839  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 336 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1112  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 336 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.358465  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2329  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 354 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1646  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 354 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3828  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224143  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6676  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.454387  normal  0.341133 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4343  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 327 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1262  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6200  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503075 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5833  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3196  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13510  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 317 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5836  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 329 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1305  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 322 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5074  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 332 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.119711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5024  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 329 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205227  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 291 aa  159  5e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4540  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 322 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29008  normal  0.0118827 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4471  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190503  normal  0.801309 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 317 aa  159  5e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>