More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5526 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  632  1e-180  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  79.61 
 
 		 310 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  70.03 
 
 		 315 aa  441  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  60.81 
 
 		 308 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  62.42 
 
 		 307 aa  373  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  59.8 
 
 		 311 aa  360  2e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  57.62 
 
 		 308 aa  360  3e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  58.55 
 
 		 308 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0847  LysR family transcriptional regulator  55.47 
 
 		 289 aa  320  9.999999999999999e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  48.38 
 
 		 309 aa  269  4e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  44.97 
 
 		 301 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  45.97 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 299 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  42.67 
 
 		 299 aa  235  9e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 308 aa  231  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 298 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  43.23 
 
 		 299 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 298 aa  228  9e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  45.18 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 297 aa  226  4e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 342 aa  226  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 300 aa  225  6e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 301 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 298 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 319 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 316 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 317 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 297 aa  212  7.999999999999999e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 296 aa  209  5e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 296 aa  209  6e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 299 aa  209  7e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 313 aa  208  9e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 300 aa  208  9e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 302 aa  206  6e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 305 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 294 aa  203  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 319 aa  202  8e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.38 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 312 aa  191  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 295 aa  189  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 319 aa  188  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 301 aa  188  9e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 320 aa  186  5e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 320 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  35.5 
 
 		 297 aa  175  8e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.79 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 295 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0644  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.64 
 
 		 305 aa  170  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 301 aa  169  8e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 344 aa  169  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.64 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 299 aa  165  8e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 313 aa  165  9e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>