More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0847 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0847  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  574  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  79.85 
 
 		 311 aa  419  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  60.52 
 
 		 315 aa  340  1e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  61.62 
 
 		 307 aa  335  5e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  57.89 
 
 		 308 aa  325  6e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  56.2 
 
 		 310 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  57.46 
 
 		 308 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  56.59 
 
 		 317 aa  304  1.0000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  55.39 
 
 		 308 aa  293  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 303 aa  199  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 298 aa  199  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 298 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  42.49 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 317 aa  186  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  44.62 
 
 		 319 aa  181  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 322 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  43.98 
 
 		 302 aa  178  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 296 aa  178  8e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 302 aa  178  8e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 342 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  42.49 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.23 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  40.46 
 
 		 319 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 320 aa  165  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  44.23 
 
 		 319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 289 aa  155  8e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  35.43 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  34.75 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  35.04 
 
 		 289 aa  152  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  34.77 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 305 aa  149  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.25 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 296 aa  144  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 289 aa  143  4e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  37.26 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.75 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.02 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 306 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 313 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>