More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3225 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 298 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 299 aa  219  6e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 310 aa  218  7e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.8 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 312 aa  206  5e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 296 aa  203  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 302 aa  198  9e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 313 aa  196  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 316 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 320 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 308 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  39.32 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 301 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 303 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 308 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 319 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 342 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 322 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 305 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0847  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 289 aa  165  6.9999999999999995e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 309 aa  157  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 301 aa  155  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.13 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  155  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1990  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 294 aa  155  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1245  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2270  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.01 
 
 		 289 aa  152  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  151  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  27.81 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 297 aa  151  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 288 aa  149  4e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 305 aa  148  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  32.11 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 301 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 295 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.01 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>