More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0820 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 311 aa  611  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0847  LysR family transcriptional regulator  79.85 
 
 		 289 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  67.31 
 
 		 315 aa  414  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  68.63 
 
 		 307 aa  416  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  63.7 
 
 		 308 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  63.12 
 
 		 308 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  60.78 
 
 		 310 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  61.84 
 
 		 308 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  60.75 
 
 		 317 aa  363  2e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  47.85 
 
 		 309 aa  252  4.0000000000000004e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 303 aa  238  9e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  47.49 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 298 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 299 aa  222  7e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 296 aa  222  7e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 300 aa  221  9e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 342 aa  221  9e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 317 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  46.82 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  47 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  43.97 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 313 aa  215  9e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  43.48 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 298 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  47.6 
 
 		 319 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  43.52 
 
 		 304 aa  209  6e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 322 aa  209  6e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 319 aa  208  8e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 320 aa  205  8e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 316 aa  203  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 304 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 299 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  47.62 
 
 		 319 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 312 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 301 aa  192  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 297 aa  192  9e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 296 aa  188  8e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  40.59 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  38.82 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 304 aa  179  7e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3618  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.219787  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 289 aa  176  5e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 313 aa  175  7e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3807  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.832757  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 289 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.92 
 
 		 289 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.93 
 
 		 289 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  34.58 
 
 		 289 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 296 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.35 
 
 		 289 aa  169  5e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.76 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 289 aa  168  9e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>