More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6743 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  619  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  83.77 
 
 		 308 aa  523  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  79.67 
 
 		 308 aa  481  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  76.14 
 
 		 307 aa  464  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  68.11 
 
 		 315 aa  410  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  62.79 
 
 		 311 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  60.54 
 
 		 310 aa  371  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 317 aa  366  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0847  LysR family transcriptional regulator  57.89 
 
 		 289 aa  325  7e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  55.18 
 
 		 309 aa  295  5e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  46.62 
 
 		 301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  46.64 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  47.64 
 
 		 301 aa  249  6e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 303 aa  246  4e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 308 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  46.41 
 
 		 301 aa  243  3e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 300 aa  243  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 298 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 298 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  46.28 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 316 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 313 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  44.66 
 
 		 319 aa  232  5e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 298 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.58 
 
 		 301 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 342 aa  229  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 298 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 296 aa  228  7e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 310 aa  228  7e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 296 aa  228  7e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  45.25 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  47.6 
 
 		 319 aa  225  6e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 299 aa  225  7e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 322 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 300 aa  222  6e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 299 aa  222  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 312 aa  221  8e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 320 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  41.39 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 304 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  47.42 
 
 		 319 aa  212  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 299 aa  212  5.999999999999999e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 307 aa  206  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.87 
 
 		 305 aa  193  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 289 aa  189  5e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 297 aa  188  8e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 296 aa  188  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.73 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  36.73 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.24 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.65 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.6 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1990  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 299 aa  175  8e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.18 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 309 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>