More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3429 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  637    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  50.83 
 
 		 302 aa  289  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 296 aa  286  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 299 aa  283  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 299 aa  273  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 296 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 298 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 298 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 298 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 298 aa  271  9e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  47.49 
 
 		 296 aa  270  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 298 aa  268  8e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  48.16 
 
 		 301 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.75 
 
 		 301 aa  266  4e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 302 aa  264  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 302 aa  263  3e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  48.49 
 
 		 301 aa  260  3e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 299 aa  259  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 313 aa  258  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 316 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 301 aa  247  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 317 aa  247  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 310 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 300 aa  243  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 299 aa  241  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 319 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 342 aa  235  8e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 319 aa  232  6e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 308 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 320 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 307 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 322 aa  221  9e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 307 aa  219  7e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 		 319 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 308 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 300 aa  212  7e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 309 aa  208  9e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 296 aa  203  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 296 aa  203  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 301 aa  201  9e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 305 aa  196  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 303 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 297 aa  195  7e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 302 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 297 aa  195  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.86 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 308 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 311 aa  189  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 303 aa  189  8e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.49 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0847  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 288 aa  187  3e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 344 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0644  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 296 aa  186  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 313 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.02 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 288 aa  182  8.000000000000001e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 307 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  35.21 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4211  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 311 aa  180  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>