More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4126 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  603  1.0000000000000001e-171  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  56.01 
 
 		 296 aa  332  3e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  57.39 
 
 		 296 aa  325  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  56.7 
 
 		 296 aa  324  1e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  56.01 
 
 		 302 aa  311  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  56.36 
 
 		 301 aa  308  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  56.7 
 
 		 302 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 298 aa  304  9.000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  53.18 
 
 		 302 aa  297  2e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  55.33 
 
 		 301 aa  294  1e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 299 aa  288  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 300 aa  279  4e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 310 aa  279  4e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 298 aa  275  6e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 298 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 308 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  47.75 
 
 		 299 aa  268  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 316 aa  264  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 309 aa  260  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 299 aa  258  8e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.39 
 
 		 301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 317 aa  253  3e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 303 aa  251  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 313 aa  249  4e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 312 aa  249  5e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 307 aa  246  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  43.96 
 
 		 308 aa  245  8e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 342 aa  242  5e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 308 aa  237  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  47.06 
 
 		 319 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 307 aa  236  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 294 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 322 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 301 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 299 aa  231  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 299 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  47.4 
 
 		 319 aa  225  6e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 308 aa  225  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  45.42 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 300 aa  222  4.9999999999999996e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 319 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  215  7e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 317 aa  210  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 304 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  42.23 
 
 		 311 aa  209  6e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.75 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  39.93 
 
 		 309 aa  206  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 296 aa  203  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 297 aa  196  6e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  38.28 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 310 aa  193  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 299 aa  192  5e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 294 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 323 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 323 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 313 aa  190  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  36.49 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 291 aa  189  2.9999999999999997e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  35.69 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>