More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4052 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  603  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  78.6 
 
 		 299 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  63.14 
 
 		 298 aa  381  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 316 aa  363  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  58.45 
 
 		 299 aa  353  2e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  54.52 
 
 		 299 aa  340  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 317 aa  329  4e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 298 aa  316  4e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 298 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 298 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 308 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 		 296 aa  287  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 299 aa  285  8e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  53.18 
 
 		 302 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  52.67 
 
 		 301 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 296 aa  281  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 313 aa  280  2e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 302 aa  278  8e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  52.33 
 
 		 302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 296 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  52.33 
 
 		 301 aa  271  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 298 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 301 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 310 aa  265  5.999999999999999e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 299 aa  263  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  47.8 
 
 		 304 aa  258  9e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43 
 
 		 301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 303 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 299 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 319 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  49.14 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  44.59 
 
 		 308 aa  243  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 308 aa  238  8e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 320 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 322 aa  235  7e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 312 aa  232  4.0000000000000004e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 342 aa  230  2e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 307 aa  229  6e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  44.25 
 
 		 319 aa  228  8e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 315 aa  221  9e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 303 aa  220  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  44.95 
 
 		 319 aa  218  8.999999999999998e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 296 aa  215  7e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 296 aa  213  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 323 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 323 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 334 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 334 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 334 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 334 aa  207  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 334 aa  206  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 334 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 334 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 334 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 334 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 300 aa  205  6e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 292 aa  204  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  38.7 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 305 aa  203  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 317 aa  202  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 301 aa  202  5e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 334 aa  202  7e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 322 aa  202  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  38.83 
 
 		 315 aa  201  9e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  33.57 
 
 		 288 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 428 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  38.41 
 
 		 435 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 415 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  40.94 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 314 aa  199  6e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>