More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3912 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  626  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  75.9 
 
 		 310 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  73.11 
 
 		 307 aa  434  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  70.03 
 
 		 317 aa  428  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  68.21 
 
 		 308 aa  427  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  68.11 
 
 		 308 aa  422  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  67.31 
 
 		 311 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 308 aa  393  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0847  LysR family transcriptional regulator  60.52 
 
 		 289 aa  345  4e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 309 aa  281  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  48.16 
 
 		 301 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  47.49 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  43.33 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  45.15 
 
 		 302 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  44.77 
 
 		 308 aa  231  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  47.71 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 298 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 302 aa  230  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 296 aa  230  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 296 aa  229  5e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  46.67 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 300 aa  229  6e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 298 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 308 aa  228  9e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  47.44 
 
 		 319 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 298 aa  225  7e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 322 aa  225  8e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 298 aa  225  8e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 316 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  45.03 
 
 		 298 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 310 aa  220  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 		 317 aa  219  7e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 301 aa  219  7e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 298 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.33 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 		 294 aa  215  7e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 299 aa  212  7.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  47.08 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  42.19 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 313 aa  206  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 304 aa  202  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 		 319 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 320 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  40.73 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 305 aa  195  7e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 312 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.74 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 304 aa  182  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 296 aa  179  8e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.37 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 289 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  35.59 
 
 		 289 aa  172  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 314 aa  169  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 289 aa  169  5e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  37.25 
 
 		 289 aa  169  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 316 aa  168  9e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>