More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_3940 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_3940  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 295 aa  597  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  74.4 
 
 		 296 aa  450  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  65.62 
 
 		 293 aa  398  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  65.87 
 
 		 293 aa  394  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  53.98 
 
 		 308 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  53.4 
 
 		 304 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 294 aa  302  4.0000000000000003e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  52.43 
 
 		 300 aa  296  2e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 292 aa  289  5.0000000000000004e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5323  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 313 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5754  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 296 aa  205  7e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  203  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 299 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.88 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 297 aa  195  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 297 aa  195  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 313 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  37.83 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  192  8e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.3 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 310 aa  188  9e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 295 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 335 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  35.81 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 300 aa  181  9.000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 302 aa  179  2.9999999999999997e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  35.17 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5155  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  179  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.272154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4510  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172827  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 291 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 300 aa  179  5.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 309 aa  179  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  179  7e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 313 aa  178  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 302 aa  178  8e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.81 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.52 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 313 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 317 aa  176  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  175  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 307 aa  175  7e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 296 aa  175  7e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 306 aa  175  8e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 313 aa  175  9e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 300 aa  175  9e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>