More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_1107 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
293 aa  599  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  90.07 
 
 
293 aa  548  1e-155  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  68.06 
 
 
296 aa  411  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3940  transcriptional regulator, LysR family  65.62 
 
 
295 aa  398  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  53.24 
 
 
308 aa  322  4e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  52.05 
 
 
300 aa  313  1.9999999999999998e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  50.51 
 
 
304 aa  306  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
299 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
292 aa  302  4.0000000000000003e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 
294 aa  290  1e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5323  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 
313 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 
302 aa  216  4e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
294 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
313 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 
335 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
305 aa  206  4e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.72 
 
 
307 aa  205  6e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
303 aa  204  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
298 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
299 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
294 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
310 aa  203  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
296 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
292 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
292 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
298 aa  203  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
295 aa  203  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
298 aa  202  8e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.68 
 
 
302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
298 aa  200  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
307 aa  199  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5754  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 
296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558964  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 
304 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.07 
 
 
305 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 
298 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
299 aa  192  7e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 
309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
303 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
310 aa  189  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
304 aa  189  5e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
306 aa  188  8e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
304 aa  188  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  35.64 
 
 
302 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
313 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
301 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
302 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
313 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
301 aa  187  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
301 aa  187  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 
303 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 
299 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
308 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 
299 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
306 aa  185  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  35.05 
 
 
308 aa  185  7e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 
303 aa  185  8e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
309 aa  185  8e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
305 aa  185  9e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0123  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
301 aa  185  9e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.314303  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5155  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.272154  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.33 
 
 
309 aa  183  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.25 
 
 
297 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
302 aa  183  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  36.11 
 
 
293 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  33.79 
 
 
302 aa  183  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
322 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 
309 aa  182  6e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
303 aa  182  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.05 
 
 
300 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  35.15 
 
 
303 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
331 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
317 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
296 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
300 aa  180  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.53 
 
 
299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
289 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
342 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
301 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
296 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
291 aa  179  7e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
305 aa  178  8e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
302 aa  178  9e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 
297 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
299 aa  178  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2116  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
305 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0265238 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
303 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 
297 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
334 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
300 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>