More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1865 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1865  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 237 aa  484  1e-136  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3288  short chain dehydrogenase  46.72 
 
 		 236 aa  217  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0892  short chain dehydrogenase  45.41 
 
 		 236 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19640  short chain dehydrogenase  44.44 
 
 		 234 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1691  short chain dehydrogenase  43.59 
 
 		 234 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0048  short chain dehydrogenase  48 
 
 		 235 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2270  short chain dehydrogenase  45.18 
 
 		 240 aa  199  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1021  short chain dehydrogenase  43.23 
 
 		 236 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1183  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  42.79 
 
 		 236 aa  192  5e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2577  short chain dehydrogenase  42.11 
 
 		 240 aa  186  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0587  short chain dehydrogenase  41.74 
 
 		 237 aa  184  9e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.426606  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0827  short chain dehydrogenase  39.59 
 
 		 250 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371771  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1793  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 		 240 aa  181  6e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0661152  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01575  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 		 240 aa  181  7e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 		 240 aa  181  7e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00181892  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1592  short chain dehydrogenase  40.43 
 
 		 240 aa  181  7e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0574635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2317  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 		 240 aa  181  7e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.186144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01565  hypothetical protein  40.87 
 
 		 240 aa  181  7e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.740406  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2024  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 		 240 aa  181  7e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1681  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 		 240 aa  181  7e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.290882  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1815  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 		 240 aa  181  7e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00999645  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3217  short chain dehydrogenase  42.04 
 
 		 239 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00454323  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1846  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 240 aa  180  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0611  short chain dehydrogenase  42.08 
 
 		 248 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0577388  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10270  short chain dehydrogenase  39.17 
 
 		 262 aa  176  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3683  short chain dehydrogenase  40.93 
 
 		 248 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3625  short chain dehydrogenase  40.51 
 
 		 248 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3337  short chain dehydrogenase  40.6 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.212049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3507  short chain dehydrogenase  41.03 
 
 		 239 aa  175  6e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.430968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3807  short chain dehydrogenase  40.51 
 
 		 248 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0169066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0616  short chain dehydrogenase  40.17 
 
 		 239 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2589  short chain dehydrogenase  41.33 
 
 		 240 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0772  short chain dehydrogenase  40.27 
 
 		 239 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.38 
 
 		 240 aa  169  3e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3161  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 		 252 aa  167  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4493  short chain dehydrogenase  37.12 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4632  short chain dehydrogenase  36.05 
 
 		 245 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2118  Dihydrofolate reductase  34.35 
 
 		 251 aa  142  6e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0808  short chain dehydrogenase  36.48 
 
 		 230 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4617  short chain dehydrogenase  36.48 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00674  short chain dehydrogenase  38.86 
 
 		 194 aa  128  9.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.284307  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4223  short chain dehydrogenase/reductase family protein  28.95 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0790726 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.76 
 
 		 238 aa  105  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.21 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  28.33 
 
 		 250 aa  92.4  5e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  29.91 
 
 		 245 aa  91.7  9e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  30.6 
 
 		 249 aa  90.1  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  30.8 
 
 		 260 aa  89.7  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.04 
 
 		 253 aa  89  5e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.61 
 
 		 245 aa  88.6  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  28.22 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  26.78 
 
 		 256 aa  86.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 		 255 aa  86.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0742579  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  28.09 
 
 		 255 aa  85.5  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 		 273 aa  84.3  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  29.75 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 		 264 aa  82.4  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  29.92 
 
 		 245 aa  82.4  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  29.95 
 
 		 252 aa  82  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.97 
 
 		 367 aa  81.3  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536642 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  28.21 
 
 		 251 aa  80.5  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0225  short chain dehydrogenase  28.46 
 
 		 277 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839345  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2218  short chain dehydrogenase  31.22 
 
 		 268 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.43112  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.24 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.24 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  30.61 
 
 		 246 aa  79.3  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 		 270 aa  78.6  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2677  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.27 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.457624  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3732  short chain dehydrogenase  29.69 
 
 		 272 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00386128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4344  short chain dehydrogenase  28.75 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0696  pteridine reductase  28.81 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.454716  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27 
 
 		 256 aa  74.7  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.79 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3921  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.4 
 
 		 246 aa  74.7  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0783  short chain dehydrogenase  25.94 
 
 		 254 aa  74.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.36858  normal  0.0521945 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3521  oxidoreductase  28.4 
 
 		 253 aa  73.9  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.34 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0552  putative oxidoreductase protein  28.74 
 
 		 259 aa  72.8  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0204  short chain dehydrogenase  28.12 
 
 		 272 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0182  short chain dehydrogenase  28.16 
 
 		 266 aa  72.8  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 		 257 aa  72.4  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.129082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2894  short chain dehydrogenase  25.61 
 
 		 276 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0656517 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.61 
 
 		 263 aa  72  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0156  short chain dehydrogenase  27.24 
 
 		 267 aa  71.6  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3108  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  31.58 
 
 		 263 aa  70.9  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0812933  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1409  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.25 
 
 		 249 aa  71.6  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  26.07 
 
 		 259 aa  71.2  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 		 263 aa  70.9  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000459649  unclonable  0.0000000000323747 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0046  short chain dehydrogenase  29.44 
 
 		 272 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.4 
 
 		 255 aa  71.2  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.39 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0669  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.57 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.154574  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.67 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  27.12 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0049  short chain dehydrogenase  28.51 
 
 		 272 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  25 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2521  short chain dehydrogenase  28.92 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1559  dehydrogenase  24.47 
 
 		 259 aa  70.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.639568  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 		 256 aa  70.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.1817 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.98 
 
 		 249 aa  70.1  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>