More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1183 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1183  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  100 
 
 		 236 aa  484  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1021  short chain dehydrogenase  91.1 
 
 		 236 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0892  short chain dehydrogenase  77.12 
 
 		 236 aa  376  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19640  short chain dehydrogenase  72.65 
 
 		 234 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1691  short chain dehydrogenase  72.22 
 
 		 234 aa  355  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3288  short chain dehydrogenase  68.64 
 
 		 236 aa  342  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10270  short chain dehydrogenase  66.8 
 
 		 262 aa  335  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0587  short chain dehydrogenase  58.23 
 
 		 237 aa  276  2e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.426606  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2577  short chain dehydrogenase  49.37 
 
 		 240 aa  228  8e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.57 
 
 		 240 aa  224  7e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2270  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 240 aa  220  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1846  short chain dehydrogenase  49.57 
 
 		 240 aa  219  3e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2589  short chain dehydrogenase  46.61 
 
 		 240 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0772  short chain dehydrogenase  46.86 
 
 		 239 aa  210  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1793  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 		 240 aa  207  1e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0661152  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01575  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 		 240 aa  206  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.06 
 
 		 240 aa  206  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00181892  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1815  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 		 240 aa  206  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00999645  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1681  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 		 240 aa  206  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.290882  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2024  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 		 240 aa  206  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2317  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 		 240 aa  206  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.186144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1592  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 		 240 aa  206  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0574635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01565  hypothetical protein  45.06 
 
 		 240 aa  206  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.740406  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0616  short chain dehydrogenase  46.03 
 
 		 239 aa  203  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3217  short chain dehydrogenase  45.27 
 
 		 239 aa  203  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00454323  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3337  short chain dehydrogenase  45.61 
 
 		 239 aa  203  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.212049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3507  short chain dehydrogenase  46.03 
 
 		 239 aa  203  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.430968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0048  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 		 235 aa  202  5e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0827  short chain dehydrogenase  43.67 
 
 		 250 aa  199  3e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371771  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3683  short chain dehydrogenase  43.55 
 
 		 248 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1865  short chain dehydrogenase  42.79 
 
 		 237 aa  192  5e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3807  short chain dehydrogenase  42.34 
 
 		 248 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0169066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0611  short chain dehydrogenase  42.34 
 
 		 248 aa  191  9e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0577388  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0808  short chain dehydrogenase  43.88 
 
 		 230 aa  188  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3625  short chain dehydrogenase  41.94 
 
 		 248 aa  187  9e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00674  short chain dehydrogenase  49.74 
 
 		 194 aa  185  6e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.284307  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4617  short chain dehydrogenase  43.04 
 
 		 245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3161  short chain dehydrogenase  43.7 
 
 		 252 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4632  short chain dehydrogenase  42.19 
 
 		 245 aa  180  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4493  short chain dehydrogenase  42.19 
 
 		 245 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2118  Dihydrofolate reductase  37.66 
 
 		 251 aa  155  5.0000000000000005e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 		 238 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4223  short chain dehydrogenase/reductase family protein  29.44 
 
 		 237 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0790726 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.42 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.93 
 
 		 241 aa  97.8  1e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  30.89 
 
 		 245 aa  95.5  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  32.24 
 
 		 260 aa  93.2  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  31.67 
 
 		 252 aa  91.3  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 		 242 aa  90.5  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  28.75 
 
 		 249 aa  90.9  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  28.39 
 
 		 256 aa  89.7  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.74 
 
 		 367 aa  88.6  9e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536642 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  30.25 
 
 		 251 aa  87.8  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  25.82 
 
 		 250 aa  88.2  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0696  pteridine reductase  30.74 
 
 		 255 aa  87.4  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.454716  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  28.81 
 
 		 259 aa  86.3  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.45 
 
 		 247 aa  85.5  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188516 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.54 
 
 		 256 aa  85.5  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2801  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  28.45 
 
 		 247 aa  85.5  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.39 
 
 		 253 aa  85.1  9e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  25.42 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.64 
 
 		 245 aa  84  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.35 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0552  putative oxidoreductase protein  30.52 
 
 		 259 aa  83.6  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.5 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.17 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.17 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  29.22 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2191  glucose-1-dehydrogenase  29.76 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  29.84 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2298  glucose-1-dehydrogenase  29.55 
 
 		 253 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1563  oxidoreductase  28.57 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.256146 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2313  glucose-1-dehydrogenase  29.37 
 
 		 253 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  28.23 
 
 		 246 aa  81.6  0.000000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1663  glucose-1-dehydrogenase  29.15 
 
 		 253 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.523612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2275  glucose-1-dehydrogenase  29.15 
 
 		 253 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2775  pteridine reductase  27.73 
 
 		 259 aa  81.6  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5602  glucose-1-dehydrogenase  29.76 
 
 		 253 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.853929 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  29.36 
 
 		 245 aa  81.6  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.8 
 
 		 270 aa  81.3  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  27.27 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  29.03 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3921  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.94 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1536  oxidoreductase  28.15 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328678 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.11 
 
 		 262 aa  79.3  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.442854  normal  0.93857 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1003  glucose-1-dehydrogenase  30.16 
 
 		 253 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  27.16 
 
 		 263 aa  79  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  27.73 
 
 		 257 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  27.73 
 
 		 257 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.59 
 
 		 237 aa  78.6  0.00000000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1670  oxidoreductase  26.89 
 
 		 272 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0171077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2487  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.24 
 
 		 248 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0147298  normal  0.672807 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2218  short chain dehydrogenase  27.73 
 
 		 268 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.43112  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1035  glucose-1-dehydrogenase  29.1 
 
 		 261 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.05 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.86 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.539797 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.86 
 
 		 257 aa  77  0.0000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  27.43 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.4 
 
 		 248 aa  77.4  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>