More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0827 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0827  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 250 aa  510  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371771  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3161  short chain dehydrogenase  73.98 
 
 		 252 aa  362  4e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3217  short chain dehydrogenase  65.18 
 
 		 239 aa  319  3e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00454323  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3337  short chain dehydrogenase  65.59 
 
 		 239 aa  318  5e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.212049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3807  short chain dehydrogenase  62.89 
 
 		 248 aa  315  5e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0169066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0616  short chain dehydrogenase  65.18 
 
 		 239 aa  315  6e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3507  short chain dehydrogenase  64.78 
 
 		 239 aa  315  6e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.430968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3683  short chain dehydrogenase  62.89 
 
 		 248 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0611  short chain dehydrogenase  62.11 
 
 		 248 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0577388  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3625  short chain dehydrogenase  62.89 
 
 		 248 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0772  short chain dehydrogenase  64.37 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0048  short chain dehydrogenase  59.11 
 
 		 235 aa  301  8.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1793  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 240 aa  229  3e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0661152  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1846  short chain dehydrogenase  50.41 
 
 		 240 aa  229  4e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1592  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 240 aa  229  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0574635  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01575  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 240 aa  229  5e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 		 240 aa  229  5e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00181892  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2317  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 240 aa  229  5e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.186144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1815  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 240 aa  229  5e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00999645  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2024  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 240 aa  229  5e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1681  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 240 aa  229  5e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.290882  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01565  hypothetical protein  50 
 
 		 240 aa  229  5e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.740406  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.35 
 
 		 240 aa  228  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2577  short chain dehydrogenase  47.35 
 
 		 240 aa  223  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2589  short chain dehydrogenase  48.37 
 
 		 240 aa  221  8e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2270  short chain dehydrogenase  47.35 
 
 		 240 aa  218  5e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19640  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 		 234 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0892  short chain dehydrogenase  46.69 
 
 		 236 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1691  short chain dehydrogenase  44.63 
 
 		 234 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1021  short chain dehydrogenase  44.9 
 
 		 236 aa  202  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00674  short chain dehydrogenase  49 
 
 		 194 aa  200  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.284307  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1183  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  43.67 
 
 		 236 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0587  short chain dehydrogenase  44.13 
 
 		 237 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.426606  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10270  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 		 262 aa  193  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3288  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 		 236 aa  192  5e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1865  short chain dehydrogenase  39.59 
 
 		 237 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4617  short chain dehydrogenase  41.87 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0808  short chain dehydrogenase  41.06 
 
 		 230 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4493  short chain dehydrogenase  40.65 
 
 		 245 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4632  short chain dehydrogenase  40.65 
 
 		 245 aa  171  9e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2118  Dihydrofolate reductase  41.2 
 
 		 251 aa  159  3e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.13 
 
 		 238 aa  125  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.12 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536642 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4223  short chain dehydrogenase/reductase family protein  27.05 
 
 		 237 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0790726 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  33.33 
 
 		 259 aa  105  7e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2775  pteridine reductase  32.94 
 
 		 259 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  28.57 
 
 		 250 aa  101  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.31 
 
 		 245 aa  98.6  8e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.37 
 
 		 246 aa  97.4  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  30.68 
 
 		 251 aa  96.7  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  30.31 
 
 		 260 aa  95.5  6e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  30.43 
 
 		 246 aa  95.1  9e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  29.3 
 
 		 245 aa  95.1  9e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  29.46 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.44 
 
 		 241 aa  93.6  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.56 
 
 		 248 aa  93.2  3e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  32.94 
 
 		 245 aa  92.4  6e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 		 256 aa  91.3  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  32.55 
 
 		 245 aa  91.3  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  27.97 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.48 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.32 
 
 		 264 aa  88.2  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0259  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  29.37 
 
 		 246 aa  87  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.76 
 
 		 257 aa  87.8  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.129082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  27.84 
 
 		 246 aa  86.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.84 
 
 		 246 aa  86.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  28.8 
 
 		 249 aa  86.3  5e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  29.08 
 
 		 264 aa  86.3  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  27.53 
 
 		 257 aa  85.5  8e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.94 
 
 		 235 aa  85.1  9e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  29.08 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.74 
 
 		 247 aa  85.1  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.29 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188516 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2801  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  28.29 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 		 273 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  0.457646 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0552  putative oxidoreductase protein  28.23 
 
 		 259 aa  83.2  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 		 273 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 		 252 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.749088  normal  0.0259189 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  28.12 
 
 		 252 aa  83.2  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  28.91 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.78 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2521  short chain dehydrogenase  30.08 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.23 
 
 		 247 aa  82  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2585  short chain dehydrogenase  32.02 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.76 
 
 		 273 aa  82  0.000000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3542  short chain dehydrogenase  30.83 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.71416 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3453  short chain dehydrogenase  31.23 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0696  pteridine reductase  28.4 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.454716  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0665  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  28.29 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.719138  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.29 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.198108  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0994  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.74 
 
 		 248 aa  80.1  0.00000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.931337 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.69 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3977  short chain dehydrogenase  30.83 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0505376 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3732  short chain dehydrogenase  29.8 
 
 		 272 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00386128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  27.67 
 
 		 263 aa  79.3  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  28.35 
 
 		 256 aa  79.3  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.37 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0742579  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2778  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.69 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.34 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1559  dehydrogenase  29.08 
 
 		 259 aa  79.3  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.639568  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>