More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0808 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_0808  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 230 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4617  short chain dehydrogenase  95.22 
 
 		 245 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4632  short chain dehydrogenase  93.91 
 
 		 245 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4493  short chain dehydrogenase  93.91 
 
 		 245 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1183  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  43.88 
 
 		 236 aa  198  7e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0892  short chain dehydrogenase  43.53 
 
 		 236 aa  193  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3217  short chain dehydrogenase  45 
 
 		 239 aa  191  8e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00454323  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10270  short chain dehydrogenase  41.74 
 
 		 262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1021  short chain dehydrogenase  43.1 
 
 		 236 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19640  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 		 234 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0048  short chain dehydrogenase  45.15 
 
 		 235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0772  short chain dehydrogenase  43.27 
 
 		 239 aa  182  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1691  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 		 234 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0827  short chain dehydrogenase  41.06 
 
 		 250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371771  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3337  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 		 239 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.212049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3507  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 		 239 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.430968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0616  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 		 239 aa  177  8e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3288  short chain dehydrogenase  40.43 
 
 		 236 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3807  short chain dehydrogenase  42.57 
 
 		 248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0169066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0611  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 		 248 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0577388  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0587  short chain dehydrogenase  41.45 
 
 		 237 aa  171  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.426606  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3683  short chain dehydrogenase  42.17 
 
 		 248 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2577  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 240 aa  168  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2270  short chain dehydrogenase  41.42 
 
 		 240 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01575  short chain dehydrogenase  42.13 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00181892  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01565  hypothetical protein  42.13 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.740406  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2024  short chain dehydrogenase  42.13 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1793  short chain dehydrogenase  42.13 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0661152  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1592  short chain dehydrogenase  42.13 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0574635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2317  short chain dehydrogenase  42.13 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.186144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1681  short chain dehydrogenase  42.13 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.290882  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1815  short chain dehydrogenase  42.13 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00999645  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.24 
 
 		 240 aa  163  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3161  short chain dehydrogenase  40.49 
 
 		 252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3625  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 		 248 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1846  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 		 240 aa  155  5.0000000000000005e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00674  short chain dehydrogenase  44.86 
 
 		 194 aa  154  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.284307  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2589  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 		 240 aa  153  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1865  short chain dehydrogenase  36.48 
 
 		 237 aa  143  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.36 
 
 		 238 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2118  Dihydrofolate reductase  32.92 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.31 
 
 		 241 aa  108  5e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4223  short chain dehydrogenase/reductase family protein  27.66 
 
 		 237 aa  95.1  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0790726 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  26.89 
 
 		 264 aa  94.7  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2801  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  31.51 
 
 		 247 aa  91.7  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.51 
 
 		 247 aa  91.7  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188516 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  28.75 
 
 		 256 aa  89.7  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0700  short chain dehydrogenase  26.89 
 
 		 251 aa  87.8  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0691  short chain dehydrogenase  26.89 
 
 		 331 aa  87.8  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.57593  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  29.17 
 
 		 250 aa  86.3  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.36 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536642 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  30 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  26.81 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  29.8 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.66 
 
 		 248 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0985311  hitchhiker  0.000033531 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.78 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.03 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1559  dehydrogenase  26.07 
 
 		 259 aa  78.6  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.639568  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  28.45 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.17 
 
 		 247 aa  77  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.36 
 
 		 270 aa  77.4  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.55 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.442854  normal  0.93857 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  29.44 
 
 		 247 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  30.8 
 
 		 245 aa  75.9  0.0000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.85 
 
 		 262 aa  75.1  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.85 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0415559 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  26.56 
 
 		 252 aa  73.9  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.02 
 
 		 262 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  27.5 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  26.07 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.05 
 
 		 246 aa  73.2  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  30.38 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  21.67 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.87 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  25.4 
 
 		 257 aa  72.4  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  27.54 
 
 		 249 aa  72  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 		 258 aa  72  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  27.71 
 
 		 248 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  26.29 
 
 		 244 aa  71.2  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.78 
 
 		 256 aa  71.2  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  25.1 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.68 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0481676 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.11 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0000350545  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0917  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.76 
 
 		 249 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.213986 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2894  short chain dehydrogenase  27.38 
 
 		 276 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0656517 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.78 
 
 		 253 aa  70.5  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.538738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  27.2 
 
 		 260 aa  70.1  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  27.73 
 
 		 254 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0726  pteridine reductase  28.45 
 
 		 246 aa  70.1  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0225  short chain dehydrogenase  27.05 
 
 		 277 aa  69.7  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839345  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.27 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.46 
 
 		 246 aa  69.7  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.41824  normal  0.505447 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2462  short-chain dehydrogenase  28.92 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0824  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  23.14 
 
 		 243 aa  69.3  0.00000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.69 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2775  pteridine reductase  27.2 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3647  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  26.86 
 
 		 248 aa  68.6  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.93 
 
 		 235 aa  68.2  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.27 
 
 		 264 aa  68.2  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>