More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3288 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3288  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 236 aa  482  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1691  short chain dehydrogenase  72.96 
 
 		 234 aa  361  6e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19640  short chain dehydrogenase  72.53 
 
 		 234 aa  358  6e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1021  short chain dehydrogenase  69.07 
 
 		 236 aa  345  3e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1183  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  68.64 
 
 		 236 aa  342  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10270  short chain dehydrogenase  68.83 
 
 		 262 aa  342  4e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0892  short chain dehydrogenase  67.8 
 
 		 236 aa  340  8e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0587  short chain dehydrogenase  60.94 
 
 		 237 aa  288  7e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.426606  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.06 
 
 		 240 aa  230  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1865  short chain dehydrogenase  46.72 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1846  short chain dehydrogenase  48.74 
 
 		 240 aa  214  8e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2589  short chain dehydrogenase  47.23 
 
 		 240 aa  205  5e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0772  short chain dehydrogenase  46.41 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1793  short chain dehydrogenase  44.54 
 
 		 240 aa  203  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0661152  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01575  short chain dehydrogenase  44.68 
 
 		 240 aa  202  3e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.68 
 
 		 240 aa  202  3e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00181892  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2317  short chain dehydrogenase  44.68 
 
 		 240 aa  202  3e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.186144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2024  short chain dehydrogenase  44.68 
 
 		 240 aa  202  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1815  short chain dehydrogenase  44.68 
 
 		 240 aa  202  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00999645  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01565  hypothetical protein  44.68 
 
 		 240 aa  202  3e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.740406  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1681  short chain dehydrogenase  44.68 
 
 		 240 aa  202  3e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.290882  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1592  short chain dehydrogenase  43.7 
 
 		 240 aa  202  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0574635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0048  short chain dehydrogenase  47.84 
 
 		 235 aa  201  8e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3217  short chain dehydrogenase  44.73 
 
 		 239 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00454323  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2577  short chain dehydrogenase  44.77 
 
 		 240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3337  short chain dehydrogenase  45.99 
 
 		 239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.212049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0616  short chain dehydrogenase  46.41 
 
 		 239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3507  short chain dehydrogenase  46.41 
 
 		 239 aa  196  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.430968  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2270  short chain dehydrogenase  45.38 
 
 		 240 aa  195  6e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0827  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 		 250 aa  192  4e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371771  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00674  short chain dehydrogenase  49.74 
 
 		 194 aa  186  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.284307  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3625  short chain dehydrogenase  41.06 
 
 		 248 aa  182  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3807  short chain dehydrogenase  41.06 
 
 		 248 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0169066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0611  short chain dehydrogenase  41.06 
 
 		 248 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0577388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3161  short chain dehydrogenase  40.76 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3683  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 		 248 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0808  short chain dehydrogenase  40.43 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4617  short chain dehydrogenase  40.43 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4493  short chain dehydrogenase  39.57 
 
 		 245 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4632  short chain dehydrogenase  39.57 
 
 		 245 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2118  Dihydrofolate reductase  38.66 
 
 		 251 aa  143  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.9 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4223  short chain dehydrogenase/reductase family protein  31.17 
 
 		 237 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0790726 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.95 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  33.33 
 
 		 251 aa  107  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  30.96 
 
 		 264 aa  104  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  33.74 
 
 		 260 aa  103  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.47 
 
 		 245 aa  100  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3921  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.8 
 
 		 246 aa  99.8  3e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 		 253 aa  99.4  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  29.46 
 
 		 246 aa  99  5e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  32.2 
 
 		 252 aa  97.8  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  30.34 
 
 		 255 aa  96.3  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_004310  BR0700  short chain dehydrogenase  30.13 
 
 		 251 aa  95.5  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2775  pteridine reductase  30.25 
 
 		 259 aa  95.1  8e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0691  short chain dehydrogenase  30.13 
 
 		 331 aa  95.1  9e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.57593  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  30.25 
 
 		 259 aa  94  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  30.93 
 
 		 256 aa  94  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  30.29 
 
 		 246 aa  93.2  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 262 aa  91.3  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.442854  normal  0.93857 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.13 
 
 		 247 aa  90.1  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  30.45 
 
 		 245 aa  89.7  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  31.02 
 
 		 245 aa  89.4  4e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0696  pteridine reductase  29.96 
 
 		 255 aa  89.4  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.454716  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  26.97 
 
 		 250 aa  89  6e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.06 
 
 		 242 aa  88.2  9e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  31.02 
 
 		 245 aa  88.2  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  30.93 
 
 		 255 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.93 
 
 		 262 aa  87.4  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0000350545  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  30.45 
 
 		 263 aa  86.3  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  29.66 
 
 		 249 aa  85.9  5e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.78 
 
 		 248 aa  85.5  7e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2218  short chain dehydrogenase  30.67 
 
 		 268 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.43112  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27 
 
 		 367 aa  84.7  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536642 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.87 
 
 		 256 aa  84  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.03 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3692  short chain dehydrogenase  31.25 
 
 		 256 aa  82.4  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31077  normal  0.893626 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01070  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.74 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.256883 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0783  short chain dehydrogenase  30 
 
 		 254 aa  81.3  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.36858  normal  0.0521945 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2912  short chain dehydrogenase  28.45 
 
 		 261 aa  81.3  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.07408 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  30.08 
 
 		 255 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.17 
 
 		 262 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.24 
 
 		 270 aa  80.5  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2526  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.53 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.22 
 
 		 249 aa  80.1  0.00000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1295  dehydrogenase  30.13 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1559  dehydrogenase  26.07 
 
 		 259 aa  79.3  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.639568  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0174  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 		 255 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.86 
 
 		 246 aa  78.2  0.00000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  28.86 
 
 		 246 aa  78.2  0.00000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.62 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  27.73 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.49 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.179495  normal  0.922727 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  27.31 
 
 		 257 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25 
 
 		 237 aa  77.4  0.0000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.05 
 
 		 249 aa  77  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  28.86 
 
 		 257 aa  77  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.8 
 
 		 263 aa  77.4  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.721614  normal  0.0286411 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  23.95 
 
 		 247 aa  77  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>