More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4223 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4223  short chain dehydrogenase/reductase family protein  100 
 
 		 237 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0790726 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.96 
 
 		 238 aa  302  3.0000000000000004e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0048  short chain dehydrogenase  30.64 
 
 		 235 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1691  short chain dehydrogenase  32.05 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2270  short chain dehydrogenase  28.45 
 
 		 240 aa  122  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19640  short chain dehydrogenase  30.3 
 
 		 234 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1021  short chain dehydrogenase  30.74 
 
 		 236 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  31.84 
 
 		 259 aa  119  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3288  short chain dehydrogenase  31.17 
 
 		 236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2118  Dihydrofolate reductase  29.54 
 
 		 251 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10270  short chain dehydrogenase  30.83 
 
 		 262 aa  118  7.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0892  short chain dehydrogenase  28.57 
 
 		 236 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2775  pteridine reductase  30.74 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  30.04 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1183  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  29.44 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2577  short chain dehydrogenase  27.47 
 
 		 240 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3161  short chain dehydrogenase  30.33 
 
 		 252 aa  112  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0616  short chain dehydrogenase  29.96 
 
 		 239 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  30.61 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3217  short chain dehydrogenase  29.79 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00454323  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3337  short chain dehydrogenase  31.38 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.212049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2589  short chain dehydrogenase  28.02 
 
 		 240 aa  109  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  29.34 
 
 		 252 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  32.65 
 
 		 250 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0587  short chain dehydrogenase  28.76 
 
 		 237 aa  108  7.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.426606  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0827  short chain dehydrogenase  27.05 
 
 		 250 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371771  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0611  short chain dehydrogenase  29.92 
 
 		 248 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0577388  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.38 
 
 		 253 aa  107  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0772  short chain dehydrogenase  29.54 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1865  short chain dehydrogenase  28.95 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1846  short chain dehydrogenase  27.78 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  31.84 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3507  short chain dehydrogenase  29.11 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.430968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3807  short chain dehydrogenase  29.51 
 
 		 248 aa  105  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0169066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17920  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  28.05 
 
 		 251 aa  105  9e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.328183  normal  0.355358 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0696  pteridine reductase  30.36 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.454716  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3683  short chain dehydrogenase  29.51 
 
 		 248 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.1 
 
 		 246 aa  102  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3625  short chain dehydrogenase  29.1 
 
 		 248 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  28.05 
 
 		 245 aa  102  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 		 241 aa  102  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  30.28 
 
 		 251 aa  102  5e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0726  pteridine reductase  31.4 
 
 		 246 aa  101  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.09 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.51 
 
 		 255 aa  99.8  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0742579  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4493  short chain dehydrogenase  29.54 
 
 		 245 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 		 247 aa  99.4  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25 
 
 		 240 aa  99.4  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4632  short chain dehydrogenase  29.24 
 
 		 245 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.1 
 
 		 244 aa  97.1  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.98 
 
 		 246 aa  95.5  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  28.98 
 
 		 246 aa  95.5  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.34 
 
 		 264 aa  94.7  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01575  short chain dehydrogenase  26.81 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.81 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00181892  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1793  short chain dehydrogenase  26.81 
 
 		 240 aa  93.6  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0661152  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2024  short chain dehydrogenase  26.81 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1681  short chain dehydrogenase  26.81 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.290882  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2317  short chain dehydrogenase  26.81 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.186144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  27.24 
 
 		 255 aa  93.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01565  hypothetical protein  26.81 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.740406  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1815  short chain dehydrogenase  26.81 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00999645  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1592  short chain dehydrogenase  26.81 
 
 		 240 aa  93.2  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0574635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.97 
 
 		 239 aa  91.7  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.08 
 
 		 243 aa  90.9  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0160173  normal  0.32816 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.29 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4617  short chain dehydrogenase  26.92 
 
 		 245 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.36 
 
 		 245 aa  90.5  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  26.98 
 
 		 245 aa  90.5  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.47 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.82 
 
 		 251 aa  90.9  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.347308 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.85 
 
 		 242 aa  90.5  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.47 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0808  short chain dehydrogenase  27.66 
 
 		 230 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  29.96 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  28.4 
 
 		 247 aa  89.7  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.57 
 
 		 248 aa  89.7  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0985311  hitchhiker  0.000033531 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01070  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.27 
 
 		 238 aa  89.7  4e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.256883 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  26.98 
 
 		 245 aa  89.4  5e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.45 
 
 		 252 aa  89.4  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.749088  normal  0.0259189 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.03 
 
 		 270 aa  89  7e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2742  short chain dehydrogenase  25.93 
 
 		 252 aa  88.6  7e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0442377  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.53 
 
 		 367 aa  88.6  8e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536642 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.61 
 
 		 238 aa  88.2  9e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.539797 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0783  short chain dehydrogenase  26.53 
 
 		 254 aa  88.2  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.36858  normal  0.0521945 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  27.78 
 
 		 260 aa  88.6  9e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 		 257 aa  87.8  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.13 
 
 		 256 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00674  short chain dehydrogenase  26.6 
 
 		 194 aa  87.4  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.284307  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.13 
 
 		 256 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.86 
 
 		 256 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5935  FixR protein  29.37 
 
 		 282 aa  86.3  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.415665  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 		 241 aa  85.9  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.682168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0325  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.16 
 
 		 243 aa  85.9  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  27.76 
 
 		 256 aa  85.9  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.4 
 
 		 270 aa  85.9  5e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.24 
 
 		 239 aa  85.5  7e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.75 
 
 		 234 aa  85.1  8e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.159825  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0700  short chain dehydrogenase  29.22 
 
 		 251 aa  85.1  9e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.05 
 
 		 255 aa  85.1  9e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>