More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0772 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0772  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 239 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3337  short chain dehydrogenase  91.63 
 
 		 239 aa  454  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.212049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3507  short chain dehydrogenase  90.79 
 
 		 239 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.430968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0616  short chain dehydrogenase  90.79 
 
 		 239 aa  449  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3217  short chain dehydrogenase  87.03 
 
 		 239 aa  431  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00454323  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0611  short chain dehydrogenase  75 
 
 		 248 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0577388  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3807  short chain dehydrogenase  74.6 
 
 		 248 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0169066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3683  short chain dehydrogenase  73.39 
 
 		 248 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3625  short chain dehydrogenase  73.39 
 
 		 248 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0827  short chain dehydrogenase  64.37 
 
 		 250 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371771  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3161  short chain dehydrogenase  64.61 
 
 		 252 aa  300  1e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0048  short chain dehydrogenase  60 
 
 		 235 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2589  short chain dehydrogenase  58.16 
 
 		 240 aa  264  7e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1592  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 240 aa  245  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0574635  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01575  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 240 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.43 
 
 		 240 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00181892  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1815  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 240 aa  243  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00999645  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1681  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 240 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.290882  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2024  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 240 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2317  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 240 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.186144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01565  hypothetical protein  54.43 
 
 		 240 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.740406  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1793  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 240 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0661152  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2270  short chain dehydrogenase  53.78 
 
 		 240 aa  241  7.999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2577  short chain dehydrogenase  51.24 
 
 		 240 aa  236  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1846  short chain dehydrogenase  54.66 
 
 		 240 aa  235  4e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.69 
 
 		 240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0892  short chain dehydrogenase  49.37 
 
 		 236 aa  223  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1691  short chain dehydrogenase  48.54 
 
 		 234 aa  218  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19640  short chain dehydrogenase  48.54 
 
 		 234 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10270  short chain dehydrogenase  46.56 
 
 		 262 aa  212  4.9999999999999996e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1183  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  46.86 
 
 		 236 aa  210  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1021  short chain dehydrogenase  46.86 
 
 		 236 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0587  short chain dehydrogenase  46.22 
 
 		 237 aa  204  1e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.426606  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3288  short chain dehydrogenase  46.41 
 
 		 236 aa  204  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00674  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 194 aa  196  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.284307  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0808  short chain dehydrogenase  43.27 
 
 		 230 aa  175  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4493  short chain dehydrogenase  43.27 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4617  short chain dehydrogenase  42.98 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4632  short chain dehydrogenase  42.15 
 
 		 245 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1865  short chain dehydrogenase  40.27 
 
 		 237 aa  171  1e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2118  Dihydrofolate reductase  38.66 
 
 		 251 aa  157  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.13 
 
 		 238 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.54 
 
 		 367 aa  108  9.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536642 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4223  short chain dehydrogenase/reductase family protein  29.54 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0790726 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  30.52 
 
 		 250 aa  102  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  31.08 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  30.65 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.16 
 
 		 260 aa  96.3  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.0340576 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  33.2 
 
 		 260 aa  94.7  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.81 
 
 		 248 aa  92.8  4e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 		 245 aa  92.8  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.25 
 
 		 241 aa  92  7e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  30.33 
 
 		 246 aa  91.7  8e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.68 
 
 		 260 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  31.56 
 
 		 245 aa  90.1  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 		 246 aa  90.9  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  30.74 
 
 		 245 aa  90.1  3e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 		 273 aa  89.4  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  0.457646 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2801  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  28.63 
 
 		 247 aa  88.6  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 		 247 aa  88.6  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188516 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.29 
 
 		 273 aa  87.8  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.93 
 
 		 257 aa  87.4  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.129082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  28.57 
 
 		 257 aa  87.4  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  29.88 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 		 247 aa  87.8  2e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  27.64 
 
 		 264 aa  86.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  29.63 
 
 		 256 aa  86.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.86 
 
 		 256 aa  85.1  8e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  28.57 
 
 		 259 aa  84.7  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2775  pteridine reductase  28.98 
 
 		 259 aa  85.1  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 		 252 aa  84  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.749088  normal  0.0259189 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.27 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  28.29 
 
 		 244 aa  83.6  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1713  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  25.7 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.1 
 
 		 257 aa  83.6  0.000000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.63 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 		 273 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.412046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1295  dehydrogenase  30.99 
 
 		 234 aa  81.6  0.000000000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.2 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.229534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.51 
 
 		 238 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.539797 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.15 
 
 		 247 aa  81.6  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2521  short chain dehydrogenase  28.11 
 
 		 258 aa  80.5  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 		 273 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.97 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.722352 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.45 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 		 273 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 		 273 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.22 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.41824  normal  0.505447 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2799  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.71 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.786413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  27.92 
 
 		 255 aa  79  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7533  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  27.01 
 
 		 260 aa  79  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  26.51 
 
 		 263 aa  79  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.67 
 
 		 262 aa  79  0.00000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.839848  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.42 
 
 		 240 aa  78.6  0.00000000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2311  short chain dehydrogenase  26.1 
 
 		 256 aa  78.2  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0239566 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  28.29 
 
 		 252 aa  78.2  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4446  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.53 
 
 		 254 aa  77.4  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.287432  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  27.62 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0345  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.13 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  29.75 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>