More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3337 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3337  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 239 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.212049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3507  short chain dehydrogenase  98.33 
 
 		 239 aa  485  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.430968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0616  short chain dehydrogenase  98.33 
 
 		 239 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689815  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0772  short chain dehydrogenase  91.63 
 
 		 239 aa  454  1e-127  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3217  short chain dehydrogenase  84.94 
 
 		 239 aa  421  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00454323  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0611  short chain dehydrogenase  77.02 
 
 		 248 aa  387  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0577388  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3683  short chain dehydrogenase  75 
 
 		 248 aa  380  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3807  short chain dehydrogenase  75.81 
 
 		 248 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0169066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3625  short chain dehydrogenase  75 
 
 		 248 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0827  short chain dehydrogenase  65.59 
 
 		 250 aa  318  5e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371771  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3161  short chain dehydrogenase  66.26 
 
 		 252 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0048  short chain dehydrogenase  60.42 
 
 		 235 aa  285  5e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2589  short chain dehydrogenase  56.9 
 
 		 240 aa  259  4e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1592  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 240 aa  249  4e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0574635  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01575  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 240 aa  247  9e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.43 
 
 		 240 aa  247  9e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00181892  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01565  hypothetical protein  54.43 
 
 		 240 aa  247  9e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.740406  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2024  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 240 aa  247  9e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1815  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 240 aa  247  9e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00999645  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1681  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 240 aa  247  9e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.290882  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2317  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 240 aa  247  9e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.186144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1793  short chain dehydrogenase  54.43 
 
 		 240 aa  247  1e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0661152  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2270  short chain dehydrogenase  54.2 
 
 		 240 aa  244  9.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1846  short chain dehydrogenase  55.51 
 
 		 240 aa  242  3.9999999999999997e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2577  short chain dehydrogenase  51.46 
 
 		 240 aa  241  9e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.69 
 
 		 240 aa  234  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0892  short chain dehydrogenase  47.7 
 
 		 236 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1691  short chain dehydrogenase  47.7 
 
 		 234 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19640  short chain dehydrogenase  47.7 
 
 		 234 aa  210  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10270  short chain dehydrogenase  45.75 
 
 		 262 aa  207  9e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1183  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  45.61 
 
 		 236 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1021  short chain dehydrogenase  45.61 
 
 		 236 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3288  short chain dehydrogenase  45.99 
 
 		 236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0587  short chain dehydrogenase  45.8 
 
 		 237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.426606  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00674  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 194 aa  192  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.284307  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1865  short chain dehydrogenase  40.6 
 
 		 237 aa  176  4e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4493  short chain dehydrogenase  43.67 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0808  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 		 230 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4632  short chain dehydrogenase  42.56 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4617  short chain dehydrogenase  42.98 
 
 		 245 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2118  Dihydrofolate reductase  38.66 
 
 		 251 aa  152  5e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.71 
 
 		 238 aa  118  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.54 
 
 		 367 aa  111  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536642 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4223  short chain dehydrogenase/reductase family protein  31.38 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0790726 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  32.4 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  30.92 
 
 		 250 aa  105  8e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  33.87 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  31.71 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 		 248 aa  95.9  5e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.97 
 
 		 246 aa  95.1  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.05 
 
 		 245 aa  94.7  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  31.97 
 
 		 245 aa  92.8  4e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  32.79 
 
 		 245 aa  92.4  6e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2521  short chain dehydrogenase  30.92 
 
 		 258 aa  92  6e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  33.06 
 
 		 260 aa  92  7e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.83 
 
 		 241 aa  90.5  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.69 
 
 		 256 aa  90.9  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 		 260 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.0340576 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  29.8 
 
 		 257 aa  89.7  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.71 
 
 		 273 aa  89.4  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  0.457646 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.71 
 
 		 273 aa  89  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  30.28 
 
 		 249 aa  89  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  30.45 
 
 		 256 aa  87.4  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188516 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2801  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  28.63 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 		 260 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 		 247 aa  86.3  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2311  short chain dehydrogenase  28.11 
 
 		 256 aa  85.9  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0239566 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.51 
 
 		 257 aa  85.1  9e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2775  pteridine reductase  31.3 
 
 		 259 aa  85.1  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  28.11 
 
 		 263 aa  84.7  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  28.05 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.71 
 
 		 273 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.412046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.63 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 		 252 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.749088  normal  0.0259189 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.08 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1295  dehydrogenase  31.82 
 
 		 234 aa  82  0.000000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.87 
 
 		 273 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.87 
 
 		 273 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.87 
 
 		 273 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  28.57 
 
 		 259 aa  81.3  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 		 242 aa  81.3  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7533  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  28.91 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0726  pteridine reductase  32.52 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.86 
 
 		 247 aa  80.5  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.53 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.839848  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.22 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.41824  normal  0.505447 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.1 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.129082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  27.2 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1713  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  25.7 
 
 		 245 aa  79.7  0.00000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.63 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 		 266 aa  79.3  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2799  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.11 
 
 		 246 aa  78.6  0.00000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.786413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  28.34 
 
 		 252 aa  78.6  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.92 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.539797 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.56 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  27.56 
 
 		 244 aa  77  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  29.67 
 
 		 257 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  29.67 
 
 		 257 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.34 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>