More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3161 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3161  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 252 aa  510  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0827  short chain dehydrogenase  73.98 
 
 		 250 aa  362  4e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371771  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3807  short chain dehydrogenase  63.1 
 
 		 248 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0169066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0616  short chain dehydrogenase  66.67 
 
 		 239 aa  311  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3337  short chain dehydrogenase  66.26 
 
 		 239 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.212049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0611  short chain dehydrogenase  62.3 
 
 		 248 aa  310  2e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0577388  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3507  short chain dehydrogenase  65.84 
 
 		 239 aa  310  2e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.430968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3217  short chain dehydrogenase  65.02 
 
 		 239 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00454323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3625  short chain dehydrogenase  62.3 
 
 		 248 aa  308  4e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3683  short chain dehydrogenase  61.51 
 
 		 248 aa  304  7e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0772  short chain dehydrogenase  64.61 
 
 		 239 aa  300  1e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0048  short chain dehydrogenase  57.44 
 
 		 235 aa  281  6.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2577  short chain dehydrogenase  49.16 
 
 		 240 aa  228  7e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1793  short chain dehydrogenase  51.85 
 
 		 240 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0661152  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2270  short chain dehydrogenase  48.95 
 
 		 240 aa  219  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01575  short chain dehydrogenase  51.44 
 
 		 240 aa  218  6e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.44 
 
 		 240 aa  218  6e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00181892  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2317  short chain dehydrogenase  51.44 
 
 		 240 aa  218  6e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.186144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01565  hypothetical protein  51.44 
 
 		 240 aa  218  6e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.740406  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1815  short chain dehydrogenase  51.44 
 
 		 240 aa  218  6e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00999645  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2024  short chain dehydrogenase  51.44 
 
 		 240 aa  218  6e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1681  short chain dehydrogenase  51.44 
 
 		 240 aa  218  6e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.290882  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1592  short chain dehydrogenase  51.44 
 
 		 240 aa  218  6e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0574635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1846  short chain dehydrogenase  50.42 
 
 		 240 aa  216  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.41 
 
 		 240 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2589  short chain dehydrogenase  45.8 
 
 		 240 aa  206  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0892  short chain dehydrogenase  46.03 
 
 		 236 aa  189  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0587  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 		 237 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.426606  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1183  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  43.7 
 
 		 236 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00674  short chain dehydrogenase  48.47 
 
 		 194 aa  179  4e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.284307  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3288  short chain dehydrogenase  40.76 
 
 		 236 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19640  short chain dehydrogenase  41.42 
 
 		 234 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10270  short chain dehydrogenase  41.94 
 
 		 262 aa  176  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1691  short chain dehydrogenase  40.76 
 
 		 234 aa  175  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1021  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1865  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 		 237 aa  167  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4617  short chain dehydrogenase  43.21 
 
 		 245 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2118  Dihydrofolate reductase  41.22 
 
 		 251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4493  short chain dehydrogenase  40.91 
 
 		 245 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0808  short chain dehydrogenase  40.49 
 
 		 230 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4632  short chain dehydrogenase  41.15 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.8 
 
 		 367 aa  116  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536642 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.28 
 
 		 238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4223  short chain dehydrogenase/reductase family protein  30.33 
 
 		 237 aa  112  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0790726 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 		 245 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  31.56 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  28.74 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  30.28 
 
 		 246 aa  95.5  7e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  30.38 
 
 		 259 aa  94.7  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.85 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0259  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  28.97 
 
 		 246 aa  94  2e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  29.25 
 
 		 246 aa  94  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.34 
 
 		 256 aa  94  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2775  pteridine reductase  30 
 
 		 259 aa  93.2  4e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  31.76 
 
 		 245 aa  91.3  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  32.13 
 
 		 245 aa  90.5  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 		 273 aa  89  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  31.33 
 
 		 260 aa  88.6  9e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.12 
 
 		 246 aa  87  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.99 
 
 		 273 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  0.457646 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.98 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 		 252 aa  87  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.749088  normal  0.0259189 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3732  short chain dehydrogenase  29.72 
 
 		 272 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00386128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.17 
 
 		 248 aa  85.5  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0985311  hitchhiker  0.000033531 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  27.82 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.67 
 
 		 246 aa  84.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  27.98 
 
 		 257 aa  84.7  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  27.67 
 
 		 246 aa  84.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  29.44 
 
 		 249 aa  85.1  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.86 
 
 		 241 aa  84  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  27.42 
 
 		 263 aa  84  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  30.08 
 
 		 255 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2571  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.71 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0716578  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2801  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  28.57 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188516 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0204  short chain dehydrogenase  28.46 
 
 		 272 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  27.27 
 
 		 264 aa  83.2  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.32 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  28.46 
 
 		 252 aa  82.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2585  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 		 239 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  27.48 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.64 
 
 		 262 aa  81.3  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.69 
 
 		 249 aa  81.3  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.06 
 
 		 247 aa  81.3  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2311  short chain dehydrogenase  25.7 
 
 		 256 aa  81.6  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0239566 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.56 
 
 		 257 aa  80.9  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.129082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.01 
 
 		 260 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7533  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  35.16 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.57 
 
 		 248 aa  80.1  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2066  short chain dehydrogenase  30.73 
 
 		 251 aa  80.1  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  27.76 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  27.24 
 
 		 256 aa  80.1  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3980  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.06 
 
 		 267 aa  80.1  0.00000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.27 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.435519  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3977  short chain dehydrogenase  31.98 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0505376 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2104  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.46 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.19 
 
 		 252 aa  79.3  0.00000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.184681  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0415559 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>