More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2034 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 248 aa  503  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0985311  hitchhiker  0.000033531 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.73 
 
 		 245 aa  265  4e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.24 
 
 		 252 aa  221  6e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.749088  normal  0.0259189 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  46.69 
 
 		 251 aa  206  3e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  43.67 
 
 		 249 aa  206  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 		 246 aa  192  6e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 		 247 aa  191  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  44.86 
 
 		 246 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  43.44 
 
 		 252 aa  188  7e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.54 
 
 		 253 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  42.21 
 
 		 246 aa  183  3e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  42.21 
 
 		 245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  42.32 
 
 		 259 aa  176  2e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  40.57 
 
 		 250 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  41.8 
 
 		 245 aa  177  2e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0726  pteridine reductase  43.88 
 
 		 246 aa  175  8e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2775  pteridine reductase  40.66 
 
 		 259 aa  172  5.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  38.82 
 
 		 245 aa  166  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1369  pteridine reductase  42.04 
 
 		 267 aa  162  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000175176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0995  pteridine reductase  39.84 
 
 		 267 aa  158  7e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0277156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0696  pteridine reductase  42.86 
 
 		 255 aa  157  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.454716  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  36.89 
 
 		 260 aa  154  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  37.55 
 
 		 246 aa  152  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 246 aa  152  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  36.93 
 
 		 256 aa  149  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 		 264 aa  145  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.29 
 
 		 237 aa  144  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 		 242 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2218  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 		 268 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.43112  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.97 
 
 		 248 aa  135  4e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0156  short chain dehydrogenase  36.03 
 
 		 267 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.44 
 
 		 367 aa  132  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536642 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.97 
 
 		 270 aa  129  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2912  short chain dehydrogenase  34.45 
 
 		 261 aa  129  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.07408 
 
 
-
 
NC_004310  BR0700  short chain dehydrogenase  36.21 
 
 		 251 aa  129  6e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0691  short chain dehydrogenase  36.21 
 
 		 331 aa  128  9.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.57593  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4344  short chain dehydrogenase  33.74 
 
 		 250 aa  127  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0049  short chain dehydrogenase  35.1 
 
 		 272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0046  short chain dehydrogenase  35.1 
 
 		 272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 		 264 aa  126  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3561  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 		 233 aa  126  3e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.888825  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 		 233 aa  126  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 		 233 aa  125  9e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0225  short chain dehydrogenase  34.17 
 
 		 277 aa  122  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839345  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1559  dehydrogenase  32.11 
 
 		 259 aa  122  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.639568  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2858  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 		 286 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.301146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.49 
 
 		 247 aa  122  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2311  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 		 256 aa  121  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0239566 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  33.9 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  35.56 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  32.1 
 
 		 261 aa  116  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0783  short chain dehydrogenase  32.66 
 
 		 254 aa  116  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.36858  normal  0.0521945 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 		 252 aa  116  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.981045  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 		 254 aa  116  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.1 
 
 		 261 aa  116  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 		 248 aa  116  3.9999999999999997e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2736  short chain dehydrogenase  32.26 
 
 		 257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.654094  normal  0.0783581 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 		 255 aa  116  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0742579  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1075  short chain dehydrogenase  32.26 
 
 		 266 aa  115  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 256 aa  115  5e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0182  short chain dehydrogenase  34.58 
 
 		 266 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 		 273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  35.95 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 		 245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 		 273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  0.457646 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200768  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1713  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  30.08 
 
 		 245 aa  113  3e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 		 255 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 		 266 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0552  putative oxidoreductase protein  34.85 
 
 		 259 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0259  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  30.17 
 
 		 246 aa  112  5e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.08 
 
 		 241 aa  112  6e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 		 261 aa  111  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 		 273 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.412046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2069  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.51 
 
 		 243 aa  109  3e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 		 258 aa  110  3e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 253 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  30.8 
 
 		 263 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  30.89 
 
 		 257 aa  109  5e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2521  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 		 258 aa  109  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 258 aa  108  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.435519  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2270  short chain dehydrogenase  30.8 
 
 		 240 aa  108  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 		 290 aa  108  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 		 273 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 		 273 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 		 273 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  31.5 
 
 		 269 aa  107  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2972  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.1 
 
 		 246 aa  107  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.31 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143564 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.05 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.310245  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1360  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.8 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000468393  normal  0.0479743 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2783  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.33 
 
 		 245 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4223  short chain dehydrogenase/reductase family protein  29.63 
 
 		 237 aa  106  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0790726 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.51 
 
 		 262 aa  106  4e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.839848  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.54 
 
 		 235 aa  105  6e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 		 255 aa  105  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0587  short chain dehydrogenase  30.25 
 
 		 237 aa  105  7e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.426606  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>