More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2270 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2270  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 240 aa  492  9.999999999999999e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2577  short chain dehydrogenase  92.47 
 
 		 240 aa  454  1e-127  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2589  short chain dehydrogenase  76.15 
 
 		 240 aa  374  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1846  short chain dehydrogenase  68.97 
 
 		 240 aa  330  1e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1793  short chain dehydrogenase  65.95 
 
 		 240 aa  314  9.999999999999999e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0661152  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01575  short chain dehydrogenase  65.95 
 
 		 240 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.95 
 
 		 240 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00181892  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01565  hypothetical protein  65.95 
 
 		 240 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.740406  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1815  short chain dehydrogenase  65.95 
 
 		 240 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00999645  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2024  short chain dehydrogenase  65.95 
 
 		 240 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1681  short chain dehydrogenase  65.95 
 
 		 240 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.290882  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2317  short chain dehydrogenase  65.95 
 
 		 240 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.186144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1592  short chain dehydrogenase  65.95 
 
 		 240 aa  311  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0574635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3683  short chain dehydrogenase  53.04 
 
 		 248 aa  244  8e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3337  short chain dehydrogenase  54.2 
 
 		 239 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.212049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3507  short chain dehydrogenase  54.2 
 
 		 239 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.430968  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0772  short chain dehydrogenase  53.78 
 
 		 239 aa  241  9e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3807  short chain dehydrogenase  51.82 
 
 		 248 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0169066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3625  short chain dehydrogenase  51.82 
 
 		 248 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0616  short chain dehydrogenase  53.36 
 
 		 239 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0611  short chain dehydrogenase  51.42 
 
 		 248 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0577388  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.57 
 
 		 240 aa  238  9e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3217  short chain dehydrogenase  51.26 
 
 		 239 aa  234  8e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00454323  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0048  short chain dehydrogenase  51.52 
 
 		 235 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1183  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  50 
 
 		 236 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3161  short chain dehydrogenase  48.95 
 
 		 252 aa  219  3e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0827  short chain dehydrogenase  47.35 
 
 		 250 aa  218  5e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371771  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0587  short chain dehydrogenase  48.33 
 
 		 237 aa  216  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.426606  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1021  short chain dehydrogenase  48.31 
 
 		 236 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1691  short chain dehydrogenase  49.16 
 
 		 234 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19640  short chain dehydrogenase  48.32 
 
 		 234 aa  211  9e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0892  short chain dehydrogenase  48.51 
 
 		 236 aa  210  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1865  short chain dehydrogenase  45.18 
 
 		 237 aa  199  3e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00674  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 194 aa  196  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.284307  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3288  short chain dehydrogenase  45.38 
 
 		 236 aa  195  6e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10270  short chain dehydrogenase  45.75 
 
 		 262 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0808  short chain dehydrogenase  41.42 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4493  short chain dehydrogenase  40.17 
 
 		 245 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4617  short chain dehydrogenase  40.17 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4632  short chain dehydrogenase  39.74 
 
 		 245 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2118  Dihydrofolate reductase  41.95 
 
 		 251 aa  154  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  33.73 
 
 		 250 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  34.44 
 
 		 246 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 		 246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  37.5 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4223  short chain dehydrogenase/reductase family protein  28.45 
 
 		 237 aa  122  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0790726 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 		 238 aa  122  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 		 367 aa  120  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536642 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 		 245 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  32.23 
 
 		 246 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  31.58 
 
 		 249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.23 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  32.23 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 264 aa  113  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2775  pteridine reductase  30.74 
 
 		 259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0726  pteridine reductase  33.61 
 
 		 246 aa  110  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.61 
 
 		 247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  35.83 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  32.22 
 
 		 251 aa  108  6e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  30.74 
 
 		 259 aa  108  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  35.83 
 
 		 245 aa  108  7.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.36 
 
 		 242 aa  107  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  30.83 
 
 		 252 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  34.9 
 
 		 260 aa  104  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.13 
 
 		 253 aa  104  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  29.22 
 
 		 244 aa  102  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.22 
 
 		 247 aa  102  7e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.278018 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.22 
 
 		 247 aa  102  7e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.607642  normal  0.406832 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  31.93 
 
 		 256 aa  97.8  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0700  short chain dehydrogenase  29.05 
 
 		 251 aa  97.1  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.81 
 
 		 264 aa  96.3  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1369  pteridine reductase  32.69 
 
 		 267 aa  96.3  4e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000175176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0696  pteridine reductase  31.02 
 
 		 255 aa  96.3  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.454716  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0995  pteridine reductase  32.81 
 
 		 267 aa  95.9  5e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0277156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0691  short chain dehydrogenase  29.05 
 
 		 331 aa  95.9  5e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.57593  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.39 
 
 		 248 aa  95.5  7e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0985311  hitchhiker  0.000033531 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3521  oxidoreductase  32.02 
 
 		 253 aa  93.2  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 		 273 aa  92.8  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  29.66 
 
 		 255 aa  92  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 		 241 aa  91.7  9e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 		 273 aa  91.3  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  0.457646 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2218  short chain dehydrogenase  28.99 
 
 		 268 aa  90.5  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.43112  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 		 248 aa  90.5  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.44 
 
 		 256 aa  90.9  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.982216  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  30.58 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 252 aa  89.4  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.749088  normal  0.0259189 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 		 273 aa  89.4  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.412046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.75 
 
 		 247 aa  87.8  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0577  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.52827  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1670  oxidoreductase  28.99 
 
 		 272 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0171077  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1941  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.29 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0923131  normal  0.859754 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2801  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  30.92 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188516 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.54 
 
 		 252 aa  86.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.981045  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.28 
 
 		 244 aa  87  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.195415  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  31.25 
 
 		 248 aa  87  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 		 273 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 		 238 aa  86.3  4e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.539797 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 		 273 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>