More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0643 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 263 aa  529  1e-149  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  70.31 
 
 		 257 aa  348  6e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2858  short chain dehydrogenase  69.39 
 
 		 286 aa  348  7e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.301146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1075  short chain dehydrogenase  68.11 
 
 		 266 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2736  short chain dehydrogenase  68.11 
 
 		 257 aa  338  4e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.654094  normal  0.0783581 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2521  short chain dehydrogenase  66.4 
 
 		 258 aa  328  4e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2311  short chain dehydrogenase  66.27 
 
 		 256 aa  327  8e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0239566 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2218  short chain dehydrogenase  57.65 
 
 		 268 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.43112  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4344  short chain dehydrogenase  53.33 
 
 		 250 aa  258  7e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.52 
 
 		 256 aa  247  1e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  47.88 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  47.49 
 
 		 255 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.44 
 
 		 258 aa  226  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.435519  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2912  short chain dehydrogenase  47.62 
 
 		 261 aa  221  7e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.07408 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  45.85 
 
 		 264 aa  216  4e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0691  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 		 331 aa  210  2e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.57593  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0700  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 		 251 aa  209  3e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1559  dehydrogenase  44.83 
 
 		 259 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.639568  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  43.65 
 
 		 256 aa  204  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 		 264 aa  200  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.501804 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.47 
 
 		 258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0415559 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 		 247 aa  200  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0182  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 		 266 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0783  short chain dehydrogenase  45.24 
 
 		 254 aa  195  8.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.36858  normal  0.0521945 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0225  short chain dehydrogenase  44.88 
 
 		 277 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839345  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0046  short chain dehydrogenase  44.05 
 
 		 272 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0049  short chain dehydrogenase  43.65 
 
 		 272 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 		 270 aa  180  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0156  short chain dehydrogenase  44.27 
 
 		 267 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2894  short chain dehydrogenase  43.03 
 
 		 276 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0656517 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0204  short chain dehydrogenase  42.63 
 
 		 272 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3732  short chain dehydrogenase  41.43 
 
 		 272 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00386128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 		 255 aa  163  3e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0742579  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 		 290 aa  162  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 		 261 aa  159  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 		 273 aa  151  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0496  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0473977 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 255 aa  149  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0552  putative oxidoreductase protein  39.84 
 
 		 259 aa  144  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 		 264 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  36.99 
 
 		 249 aa  144  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 		 255 aa  138  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 		 273 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195877 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  40.56 
 
 		 251 aa  137  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 		 254 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.162076 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 		 254 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 		 241 aa  132  6.999999999999999e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  35.77 
 
 		 246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  35.71 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 		 242 aa  130  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 		 248 aa  128  8.000000000000001e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  32.02 
 
 		 250 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 		 237 aa  126  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  38.8 
 
 		 252 aa  125  6e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.79 
 
 		 263 aa  125  7e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 		 264 aa  124  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0195  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.09 
 
 		 231 aa  124  2e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 		 252 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.981045  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.34 
 
 		 267 aa  122  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.233488  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.34 
 
 		 267 aa  122  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1548  pteridine reductase 1  38.34 
 
 		 267 aa  122  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.888486  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0052  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.34 
 
 		 267 aa  122  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1195  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.34 
 
 		 267 aa  122  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.350594  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1479  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.34 
 
 		 267 aa  122  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0132  putative dehydrogenase with different specificities (related to short-chain alcohol dehydrogenase)  32.82 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0050  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.94 
 
 		 267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  33.46 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 253 aa  119  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 		 250 aa  118  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0259595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 		 249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 237 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.324662 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 		 253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.538738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 		 249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 		 248 aa  112  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.32 
 
 		 237 aa  112  6e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 		 267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.616892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 		 262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  34.25 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 		 249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 		 254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.5 
 
 		 288 aa  109  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2931  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 		 235 aa  108  6e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.300897 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 		 250 aa  108  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 		 267 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 		 267 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214741  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 		 255 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.432373 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 		 251 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.612185 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 		 267 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 		 247 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.91 
 
 		 267 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  37.1 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 		 248 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 267 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0548217  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.57 
 
 		 255 aa  106  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>