More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2698 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16282  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  77.18 
 
 
247 aa  378  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.2 
 
 
273 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.78 
 
 
273 aa  341  7e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  0.457646 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.95 
 
 
279 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.229534  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.03 
 
 
273 aa  333  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212071  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.03 
 
 
273 aa  334  1e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.412046  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.03 
 
 
273 aa  333  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.03 
 
 
273 aa  333  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.83 
 
 
248 aa  301  9e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.37 
 
 
246 aa  278  7e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.96 
 
 
246 aa  275  5e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.41824  normal  0.505447 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2801  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  58.92 
 
 
247 aa  272  4.0000000000000004e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.92 
 
 
247 aa  272  4.0000000000000004e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00188516 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.04 
 
 
241 aa  207  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
263 aa  158  9e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.721614  normal  0.0286411 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
260 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.0340576 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
260 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3757  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
267 aa  142  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.537851  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
261 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0824  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.54 
 
 
243 aa  142  6e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
252 aa  141  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.753255  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
260 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.722352 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
245 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200768  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  36.33 
 
 
244 aa  140  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
242 aa  139  4.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
237 aa  137  2e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  38.26 
 
 
259 aa  135  6.0000000000000005e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.01 
 
 
248 aa  135  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
252 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0128368 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  37.55 
 
 
260 aa  133  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
249 aa  133  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02721  short chain dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G17650)  35.09 
 
 
260 aa  132  3.9999999999999996e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2588  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.82 
 
 
248 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
257 aa  132  6e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19210  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.8 
 
 
243 aa  132  7.999999999999999e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0731595  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2775  pteridine reductase  37.5 
 
 
259 aa  131  9e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
252 aa  131  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.49109  normal  0.0150297 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
257 aa  131  9e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.6 
 
 
248 aa  129  4.0000000000000003e-29  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.2 
 
 
260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
264 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.55 
 
 
251 aa  129  5.0000000000000004e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  38.4 
 
 
245 aa  128  7.000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.87 
 
 
248 aa  128  8.000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  33.73 
 
 
249 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7533  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  39.06 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.37 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
254 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.36 
 
 
246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
248 aa  125  5e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
254 aa  125  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.66 
 
 
248 aa  125  6e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
249 aa  125  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2069  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.04 
 
 
243 aa  124  1e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1369  pteridine reductase  36.47 
 
 
267 aa  124  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000175176  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0900  putative short-chain dehydrogenase/reductase  33.2 
 
 
263 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
255 aa  124  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
253 aa  123  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
257 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
254 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
249 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.48 
 
 
246 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
246 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
247 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0994  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.14 
 
 
247 aa  123  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0983572  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  34.27 
 
 
245 aa  122  4e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  34.27 
 
 
245 aa  122  4e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31135  Granaticin polyketide synthase putative ketoacyl reductase 2  32.02 
 
 
250 aa  122  6e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
255 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
249 aa  122  7e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0664  cylG protein  31.15 
 
 
240 aa  121  9e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  38.06 
 
 
251 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  33.47 
 
 
250 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0995  pteridine reductase  36.61 
 
 
267 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0277156  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.96 
 
 
247 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  34.85 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  36.84 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  32.93 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1589  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.2 
 
 
243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.511722  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.374056  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
270 aa  120  3e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
251 aa  119  3e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.635222  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  35.32 
 
 
246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16710  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
250 aa  119  4.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0174  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 
255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
254 aa  119  6e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.743418 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
256 aa  119  6e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.06 
 
 
266 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.752171  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
252 aa  119  6e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2972  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
245 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>