More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1075 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1075  short chain dehydrogenase  100 
 
 
266 aa  527  1e-149  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2736  short chain dehydrogenase  99.61 
 
 
257 aa  507  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.654094  normal  0.0783581 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2858  short chain dehydrogenase  82.89 
 
 
286 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.301146  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  68.11 
 
 
263 aa  339  2.9999999999999998e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2521  short chain dehydrogenase  61.57 
 
 
258 aa  305  7e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2311  short chain dehydrogenase  62.89 
 
 
256 aa  297  1e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0239566 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  63.16 
 
 
257 aa  281  6.000000000000001e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4344  short chain dehydrogenase  55.12 
 
 
250 aa  259  3e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2218  short chain dehydrogenase  55.98 
 
 
268 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.43112  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.92 
 
 
256 aa  234  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2912  short chain dehydrogenase  48.78 
 
 
261 aa  213  2.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.07408 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
247 aa  207  2e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 
255 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 
255 aa  204  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48 
 
 
258 aa  203  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.435519  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1559  dehydrogenase  43.56 
 
 
259 aa  195  8.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.639568  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  43.85 
 
 
256 aa  194  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  43.37 
 
 
264 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2894  short chain dehydrogenase  45.9 
 
 
276 aa  189  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0656517 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0783  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 
254 aa  189  5.999999999999999e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.36858  normal  0.0521945 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0046  short chain dehydrogenase  47.35 
 
 
272 aa  188  9e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0049  short chain dehydrogenase  46.94 
 
 
272 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0182  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 
266 aa  183  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0225  short chain dehydrogenase  45.31 
 
 
277 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839345  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 
258 aa  181  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0415559 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0156  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 
267 aa  178  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0691  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
331 aa  175  6e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.57593  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0700  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
251 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
264 aa  173  2.9999999999999996e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.501804 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0204  short chain dehydrogenase  44.67 
 
 
272 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3732  short chain dehydrogenase  43.85 
 
 
272 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00386128  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
290 aa  169  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
270 aa  163  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
262 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
261 aa  159  5e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
273 aa  156  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.195877 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
255 aa  155  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
255 aa  155  9e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0742579  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
273 aa  154  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  42.11 
 
 
252 aa  148  8e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  38.82 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
253 aa  146  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
254 aa  144  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
255 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41021  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
246 aa  142  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
264 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  39.53 
 
 
246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0496  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0473977 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
242 aa  139  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0552  putative oxidoreductase protein  38.58 
 
 
259 aa  138  7e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  39.04 
 
 
251 aa  136  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
248 aa  132  5e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.06 
 
 
263 aa  129  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
237 aa  129  5.0000000000000004e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0052  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.65 
 
 
267 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1479  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.65 
 
 
267 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.65 
 
 
267 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1548  pteridine reductase 1  40.65 
 
 
267 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.888486  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1195  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.65 
 
 
267 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.350594  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.65 
 
 
267 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.233488  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0050  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.24 
 
 
267 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  35.63 
 
 
246 aa  125  9e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
254 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
246 aa  122  8e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  38.15 
 
 
246 aa  122  8e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443115  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.162076 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
247 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0132  putative dehydrogenase with different specificities (related to short-chain alcohol dehydrogenase)  31.71 
 
 
231 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  33.2 
 
 
250 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
253 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.538738  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  34.01 
 
 
246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.6 
 
 
246 aa  117  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.6 
 
 
246 aa  117  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.4 
 
 
244 aa  116  3.9999999999999997e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.981045  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
246 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521218  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.03 
 
 
247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.39 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0195  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.79 
 
 
231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0726  pteridine reductase  33.06 
 
 
246 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0696  pteridine reductase  39.45 
 
 
255 aa  110  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.454716  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
267 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53578  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
267 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
250 aa  109  6e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0259595  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2931  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
235 aa  108  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.300897 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.23 
 
 
250 aa  107  1e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
255 aa  107  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
246 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.47 
 
 
247 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
267 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.616892  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
246 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 
248 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0985311  hitchhiker  0.000033531 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
237 aa  107  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.324662 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>