More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2858 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2858  short chain dehydrogenase  100 
 
 
286 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.301146  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1075  short chain dehydrogenase  82.89 
 
 
266 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2736  short chain dehydrogenase  82.81 
 
 
257 aa  425  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.654094  normal  0.0783581 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0643  short chain dehydrogenase  69.39 
 
 
263 aa  348  8e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2521  short chain dehydrogenase  60.48 
 
 
258 aa  299  3e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2311  short chain dehydrogenase  62.35 
 
 
256 aa  288  5.0000000000000004e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0239566 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  61.13 
 
 
257 aa  284  1.0000000000000001e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2218  short chain dehydrogenase  55.28 
 
 
268 aa  253  3e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.43112  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4344  short chain dehydrogenase  54.07 
 
 
250 aa  246  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.866495 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
256 aa  234  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  47.18 
 
 
255 aa  219  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2912  short chain dehydrogenase  49.59 
 
 
261 aa  215  8e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.07408 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  46.99 
 
 
255 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
247 aa  199  6e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  43.85 
 
 
256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.9 
 
 
258 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.435519  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1559  dehydrogenase  42.46 
 
 
259 aa  190  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.639568  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0182  short chain dehydrogenase  45.34 
 
 
266 aa  188  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0225  short chain dehydrogenase  44.94 
 
 
277 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839345  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2894  short chain dehydrogenase  46.34 
 
 
276 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0656517 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3732  short chain dehydrogenase  46.67 
 
 
272 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00386128  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0783  short chain dehydrogenase  44.35 
 
 
254 aa  185  7e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.36858  normal  0.0521945 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  41.63 
 
 
264 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
264 aa  182  6e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.501804 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 
258 aa  180  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0415559 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0204  short chain dehydrogenase  45.88 
 
 
272 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0156  short chain dehydrogenase  45.17 
 
 
267 aa  175  9e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0049  short chain dehydrogenase  43.32 
 
 
272 aa  175  9e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0046  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
272 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
270 aa  168  9e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0691  short chain dehydrogenase  40 
 
 
331 aa  168  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.57593  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0700  short chain dehydrogenase  39.75 
 
 
251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
290 aa  167  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
261 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
255 aa  159  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1995  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
273 aa  155  6e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
262 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
273 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.195877 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
246 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
241 aa  149  5e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  37.65 
 
 
249 aa  146  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
255 aa  146  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41021  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0496  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
261 aa  146  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0473977 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
264 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1649  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
254 aa  145  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0552  putative oxidoreductase protein  39.44 
 
 
259 aa  143  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.404038 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
255 aa  143  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0742579  normal  0.257249 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  40.4 
 
 
246 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  40.16 
 
 
252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  38.71 
 
 
251 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
264 aa  135  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
254 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.65 
 
 
263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1479  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.24 
 
 
267 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.24 
 
 
267 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1548  pteridine reductase 1  40.24 
 
 
267 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.888486  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0052  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.24 
 
 
267 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.24 
 
 
267 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.233488  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1195  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.24 
 
 
267 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.350594  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
248 aa  129  7.000000000000001e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0050  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.84 
 
 
267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  34.8 
 
 
250 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  35.34 
 
 
246 aa  122  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443115  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.981045  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0132  putative dehydrogenase with different specificities (related to short-chain alcohol dehydrogenase)  32.63 
 
 
231 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.91 
 
 
253 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.4 
 
 
246 aa  119  6e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.4 
 
 
246 aa  119  6e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
247 aa  118  9e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.162076 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.538738  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.2 
 
 
244 aa  116  3.9999999999999997e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
267 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.616892  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  33.6 
 
 
246 aa  116  5e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0195  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.58 
 
 
231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
267 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.59 
 
 
246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
267 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53578  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
246 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
250 aa  113  3e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0259595  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  37.02 
 
 
254 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
255 aa  112  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
248 aa  112  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0985311  hitchhiker  0.000033531 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  34.94 
 
 
246 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
246 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
267 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
267 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0548217  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
267 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214741  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0696  pteridine reductase  37.8 
 
 
255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.454716  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.324662 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
252 aa  110  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
253 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.82 
 
 
247 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.65 
 
 
250 aa  109  7.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  36.4 
 
 
245 aa  108  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>