More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2058 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
246 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.24 
 
 
246 aa  354  6.999999999999999e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.184809  normal  0.684674 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.83 
 
 
246 aa  352  2e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.289767  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.42 
 
 
246 aa  347  9e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0158219  normal  0.051875 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.11 
 
 
246 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.39 
 
 
246 aa  324  8.000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.2 
 
 
246 aa  307  8e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521218  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.04 
 
 
247 aa  296  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.49 
 
 
245 aa  295  7e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.155975 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.6 
 
 
246 aa  291  7e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.6 
 
 
246 aa  291  7e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5711  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.2 
 
 
246 aa  288  6e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668552  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  61.73 
 
 
249 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  61.73 
 
 
249 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  60.82 
 
 
249 aa  281  9e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.6 
 
 
246 aa  275  4e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.509467  normal  0.742025 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2097  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  59.59 
 
 
249 aa  275  6e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0368454  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.41 
 
 
246 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.01 
 
 
246 aa  273  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122722  normal  0.0656338 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1892  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  59.18 
 
 
249 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.362841  normal  0.505401 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.02 
 
 
261 aa  270  1e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.01 
 
 
246 aa  269  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  57.79 
 
 
248 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.02 
 
 
247 aa  269  2.9999999999999997e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.96 
 
 
249 aa  269  2.9999999999999997e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  59.67 
 
 
249 aa  268  5e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.619727  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0456  short-chain dehydrogenase  57.61 
 
 
243 aa  257  1e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5464  short-chain dehydrogenase  58.26 
 
 
243 aa  256  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0590758 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2813  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  52.87 
 
 
254 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.92 
 
 
251 aa  252  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.92 
 
 
251 aa  252  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.92 
 
 
251 aa  252  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.26 
 
 
248 aa  251  7e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4359  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  52.05 
 
 
249 aa  248  5e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4227  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  52.05 
 
 
249 aa  248  5e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0112  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.64 
 
 
249 aa  245  4e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.16629  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4155  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.64 
 
 
249 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.282325  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5033  short chain dehydrogenase  55.56 
 
 
253 aa  244  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.89 
 
 
248 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5382  short chain dehydrogenase  53.28 
 
 
247 aa  238  9e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.429427  normal  0.712878 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.44 
 
 
248 aa  234  7e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3486  short chain dehydrogenase  52.26 
 
 
247 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.425497  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
243 aa  232  3e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.37322  normal  0.510566 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.72 
 
 
248 aa  233  3e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424016  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.44 
 
 
250 aa  233  3e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 
253 aa  232  5e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
248 aa  232  5e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
248 aa  232  5e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.23 
 
 
255 aa  231  7.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02300  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  58.02 
 
 
250 aa  230  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.257704  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0262  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  58.44 
 
 
250 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.520001  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3874  short chain dehydrogenase  53.09 
 
 
256 aa  228  5e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122974  normal  0.933314 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0957  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.29 
 
 
248 aa  228  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
248 aa  226  2e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.264822 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.64 
 
 
248 aa  226  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3245  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.59 
 
 
246 aa  221  7e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.42 
 
 
247 aa  221  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189407 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.74 
 
 
246 aa  217  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.202973  normal  0.995742 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
246 aa  211  9e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.44 
 
 
245 aa  211  1e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802156  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
246 aa  209  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0523113  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.03 
 
 
246 aa  209  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.98 
 
 
249 aa  207  1e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
248 aa  201  9e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.332665  normal  0.273672 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
237 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4821  oxidoreductase  47.15 
 
 
237 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3763  oxidoreductase  47.15 
 
 
237 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.484449  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.432373 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5771  oxidoreductase  46.75 
 
 
237 aa  199  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04116  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  46.75 
 
 
237 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.54 
 
 
242 aa  199  3.9999999999999996e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4505  oxidoreductase  46.75 
 
 
237 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406489  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04080  hypothetical protein  46.75 
 
 
237 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4729  oxidoreductase  45.93 
 
 
237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4835  oxidoreductase  46.34 
 
 
237 aa  195  6e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2664  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  49.8 
 
 
255 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
250 aa  191  1e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.219783 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
248 aa  188  5.999999999999999e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.881664  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.44 
 
 
247 aa  188  8e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.483923  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0085  oxidoreductase  43.9 
 
 
237 aa  186  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.689145  normal  0.340405 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1798  oxidoreductase  44.72 
 
 
237 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0401257  normal  0.0380539 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
265 aa  184  8e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1860  oxidoreductase  44.31 
 
 
237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1476  oxidoreductase  44.31 
 
 
237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1657  oxidoreductase  44.31 
 
 
237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.17128 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1800  oxidoreductase  44.31 
 
 
237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.419385 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2597  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.98 
 
 
248 aa  181  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  45.08 
 
 
255 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  47.11 
 
 
246 aa  177  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
254 aa  175  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
254 aa  175  7e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.53 
 
 
247 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 
251 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0320878 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1573  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  40 
 
 
266 aa  172  3.9999999999999995e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.647658  normal  0.48808 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
253 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
262 aa  171  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0813  putative short-chain dehydrogenase/reductase  45.56 
 
 
251 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.998213 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 
248 aa  169  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.397771 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
250 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
251 aa  168  6e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>