More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1252 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.98 
 
 
253 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
254 aa  299  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  50.2 
 
 
254 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2971  short chain dehydrogenase  50.2 
 
 
257 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3195  short chain dehydrogenase  49.8 
 
 
254 aa  232  3e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.961383  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2906  short chain dehydrogenase  50.2 
 
 
257 aa  232  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.01573  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2979  short chain dehydrogenase  49.4 
 
 
257 aa  229  4e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000666637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3204  short chain dehydrogenase  49.4 
 
 
257 aa  229  4e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00024474  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3239  short chain dehydrogenase  49.4 
 
 
254 aa  229  4e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.304035  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2927  short chain dehydrogenase  49 
 
 
254 aa  228  7e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2043  short chain dehydrogenase  49.8 
 
 
254 aa  227  1e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.179832  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3076  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
254 aa  224  7e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.575838  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1932  short chain dehydrogenase  48.61 
 
 
252 aa  224  1e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.362835  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1849  short chain dehydrogenase  48.61 
 
 
252 aa  223  3e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3493  short chain dehydrogenase  47.81 
 
 
252 aa  219  3e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1712  short chain dehydrogenase  47.81 
 
 
252 aa  216  2e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1664  short chain dehydrogenase  47.01 
 
 
252 aa  217  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.316007  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1847  short chain dehydrogenase  47.81 
 
 
252 aa  216  2e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1689  short chain dehydrogenase  47.81 
 
 
252 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1705  short chain dehydrogenase  47.81 
 
 
252 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.957083  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1886  short chain dehydrogenase  47.81 
 
 
252 aa  216  4e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2870  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  44.88 
 
 
254 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.83 
 
 
255 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00687705  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
255 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.83 
 
 
255 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.85 
 
 
263 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.204744  normal  0.374158 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.01 
 
 
254 aa  194  9e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.293604  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.85 
 
 
254 aa  194  1e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247602  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0549  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  45.06 
 
 
248 aa  193  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.613292 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.68 
 
 
265 aa  192  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
256 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
255 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
257 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0613473  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5176  short-chain dehydrogenase  46.46 
 
 
254 aa  187  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0340709  hitchhiker  0.00401231 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
255 aa  185  5e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
251 aa  185  6e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.102183 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1224  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  44.4 
 
 
255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0621066  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
275 aa  183  3e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
252 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.203943 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
253 aa  181  1e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.192995  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.88 
 
 
254 aa  180  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.260797 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1573  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  42.26 
 
 
266 aa  180  2e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.647658  normal  0.48808 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
254 aa  180  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5170  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
257 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  44.35 
 
 
255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
250 aa  179  4e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.573259 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
254 aa  179  4.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.199031 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
250 aa  178  7e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0215528 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
246 aa  177  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
254 aa  177  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
259 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.508764  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
248 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
246 aa  176  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1452  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
259 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
256 aa  176  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.382546 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
254 aa  176  4e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.91487  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
246 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2597  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  40.08 
 
 
252 aa  175  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1456  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
248 aa  175  6e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.640452  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
252 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.281349  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
247 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.707751 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
262 aa  172  3.9999999999999995e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.414284  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
263 aa  172  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
251 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
251 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
251 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
254 aa  171  7.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
254 aa  171  7.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
248 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
246 aa  171  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
262 aa  171  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
247 aa  169  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
246 aa  169  3e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
251 aa  169  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 
250 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
247 aa  169  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.332896 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
256 aa  168  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.760882  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
252 aa  168  8e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139666  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
247 aa  168  9e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
252 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673149  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0490038  normal  0.520511 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
248 aa  166  4e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
254 aa  166  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  41.39 
 
 
247 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
250 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.282808 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.34 
 
 
249 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3357  short chain dehydrogenase  40.57 
 
 
247 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0533956 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
248 aa  164  9e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.364281 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3073  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.49 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175378  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4321  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.255411 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31000  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.58328  normal  0.46661 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.627882  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.412658  normal  0.910239 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>