More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4632 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4632  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 245 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4493  short chain dehydrogenase  98.78 
 
 		 245 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4617  short chain dehydrogenase  96.73 
 
 		 245 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0808  short chain dehydrogenase  93.91 
 
 		 230 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1183  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  42.19 
 
 		 236 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0892  short chain dehydrogenase  42.02 
 
 		 236 aa  187  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1021  short chain dehydrogenase  43.78 
 
 		 236 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3217  short chain dehydrogenase  43.75 
 
 		 239 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00454323  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10270  short chain dehydrogenase  40.5 
 
 		 262 aa  181  9.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0827  short chain dehydrogenase  40.65 
 
 		 250 aa  179  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371771  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1691  short chain dehydrogenase  39.66 
 
 		 234 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3337  short chain dehydrogenase  42.56 
 
 		 239 aa  179  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.212049  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0772  short chain dehydrogenase  42.15 
 
 		 239 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19640  short chain dehydrogenase  39.22 
 
 		 234 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3507  short chain dehydrogenase  42.15 
 
 		 239 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.430968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0048  short chain dehydrogenase  44.3 
 
 		 235 aa  176  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0616  short chain dehydrogenase  42.15 
 
 		 239 aa  176  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3288  short chain dehydrogenase  39.57 
 
 		 236 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3807  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 		 248 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0169066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0611  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 		 248 aa  168  8e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0577388  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3683  short chain dehydrogenase  41.37 
 
 		 248 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0587  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 		 237 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.426606  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2577  short chain dehydrogenase  39.83 
 
 		 240 aa  166  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01575  short chain dehydrogenase  42.06 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00181892  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1815  short chain dehydrogenase  42.06 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00999645  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01565  hypothetical protein  42.06 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.740406  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1793  short chain dehydrogenase  42.13 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0661152  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2024  short chain dehydrogenase  42.06 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2317  short chain dehydrogenase  42.06 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.186144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1681  short chain dehydrogenase  42.06 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.290882  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1592  short chain dehydrogenase  42.06 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0574635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.74 
 
 		 240 aa  163  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3161  short chain dehydrogenase  41.15 
 
 		 252 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3625  short chain dehydrogenase  39.52 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2270  short chain dehydrogenase  39.74 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00674  short chain dehydrogenase  45.95 
 
 		 194 aa  157  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.284307  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1846  short chain dehydrogenase  40.95 
 
 		 240 aa  154  8e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2589  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 		 240 aa  152  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1865  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.93 
 
 		 238 aa  115  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.49 
 
 		 241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2118  Dihydrofolate reductase  32.65 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4223  short chain dehydrogenase/reductase family protein  29.24 
 
 		 237 aa  102  7e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0790726 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  27.73 
 
 		 264 aa  97.8  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0700  short chain dehydrogenase  28.15 
 
 		 251 aa  96.7  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0691  short chain dehydrogenase  28.15 
 
 		 331 aa  97.1  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.57593  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 		 247 aa  96.3  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188516 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2801  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  32.64 
 
 		 247 aa  96.3  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1974  short chain dehydrogenase  29.58 
 
 		 256 aa  91.3  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  29.58 
 
 		 246 aa  86.7  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1087  short chain dehydrogenase  27.23 
 
 		 255 aa  85.9  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.717683  hitchhiker  0.0000440763 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  29.58 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.79 
 
 		 367 aa  83.2  0.000000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536642 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  28.69 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  29.08 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.62 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1559  dehydrogenase  26.5 
 
 		 259 aa  80.1  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.639568  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.03 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5605  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.93 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.679582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.17 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.78 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.605305  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  30.52 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.66 
 
 		 248 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0985311  hitchhiker  0.000033531 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 		 262 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  29.05 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  28.33 
 
 		 259 aa  79  0.00000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  29.41 
 
 		 254 aa  79  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.11 
 
 		 270 aa  78.6  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000861363 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1233  short chain dehydrogenase  27.35 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.320103  hitchhiker  0.0000168053 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.5 
 
 		 240 aa  78.2  0.0000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1202  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.03 
 
 		 254 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  27.97 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  26.75 
 
 		 252 aa  75.9  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.85 
 
 		 258 aa  75.9  0.0000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0415559 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3920  short chain dehydrogenase  26.21 
 
 		 257 aa  75.5  0.0000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0621  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.167858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.55 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.442854  normal  0.93857 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.05 
 
 		 247 aa  74.3  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2775  pteridine reductase  27.41 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0225  short chain dehydrogenase  27.87 
 
 		 277 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839345  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2462  short-chain dehydrogenase  29.12 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.8 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.538738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 		 273 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0726  pteridine reductase  28.87 
 
 		 246 aa  73.6  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  29.71 
 
 		 253 aa  73.2  0.000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0824  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  24.48 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.36 
 
 		 256 aa  72.8  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0156  short chain dehydrogenase  28.85 
 
 		 267 aa  72.8  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17920  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  26.38 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.328183  normal  0.355358 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.29 
 
 		 273 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  0.457646 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.12 
 
 		 253 aa  72.4  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0917  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.29 
 
 		 249 aa  72  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.213986 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.91 
 
 		 252 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.749088  normal  0.0259189 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3732  short chain dehydrogenase  28.57 
 
 		 272 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00386128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6406  short chain dehydrogenase  29.71 
 
 		 254 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 		 262 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0000350545  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3647  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  27.27 
 
 		 248 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.63 
 
 		 261 aa  71.2  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>