More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1661 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
256 aa  508  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.1817 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
263 aa  206  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.721614  normal  0.0286411 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.15 
 
 
260 aa  181  7e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.25 
 
 
266 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.752171  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1525  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 
266 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.191117  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0900  putative short-chain dehydrogenase/reductase  42.69 
 
 
263 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 
260 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.0340576 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7533  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  46.69 
 
 
260 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.07 
 
 
261 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3757  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.75 
 
 
267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.537851  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
260 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.722352 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
252 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.753255  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
245 aa  144  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200768  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
252 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0128368 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
248 aa  138  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  37.94 
 
 
247 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
279 aa  132  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.229534  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
273 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  0.457646 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
273 aa  131  9e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
273 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212071  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
273 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
273 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  33.6 
 
 
244 aa  125  5e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
272 aa  125  9e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.178031  hitchhiker  0.00135629 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2027  oxidoreductase  37.31 
 
 
255 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.274157  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
273 aa  121  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.412046  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1563  oxidoreductase  36.05 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.256146 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0696  glucose 1-dehydrogenase  36.96 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1536  oxidoreductase  35.16 
 
 
257 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.328678 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  38.13 
 
 
248 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2709  oxidoreductase  34.75 
 
 
258 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1670  oxidoreductase  36.05 
 
 
272 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0171077  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  38.13 
 
 
248 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2801  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  34.51 
 
 
247 aa  119  7e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
247 aa  119  7e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00188516 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  34.88 
 
 
257 aa  118  9e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  34.88 
 
 
257 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0824  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.81 
 
 
243 aa  118  9.999999999999999e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2456  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588805  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2504  glucose-1-dehydrogenase  38.67 
 
 
248 aa  116  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
252 aa  116  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.49109  normal  0.0150297 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0348  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.13 
 
 
244 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.708158  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  36.33 
 
 
245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
253 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16282  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.85 
 
 
240 aa  115  6e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.59 
 
 
246 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23950  oxidoreductase  34.96 
 
 
255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.59 
 
 
246 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3809  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  34.66 
 
 
241 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1904  oxidoreductase  34.88 
 
 
255 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
253 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
249 aa  113  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.5 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.78 
 
 
246 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
254 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.421382 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.56 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.411552  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
246 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
241 aa  112  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.78 
 
 
247 aa  112  5e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
248 aa  112  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.455757  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
248 aa  112  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
254 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0433  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.13 
 
 
244 aa  112  8.000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00087459  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34130  oxidoreductase  34.36 
 
 
260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1231  acetoacetyl-CoA reductase  31.76 
 
 
247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.62 
 
 
247 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1230  acetoacetyl-CoA reductase  31.76 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.824936  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1207  acetoacetyl-CoA reductase  31.76 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1209  acetoacetyl-CoA reductase  31.76 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00888886  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1405  acetoacetyl-CoA reductase  31.76 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1330  acetoacetyl-CoA reductase  31.76 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3281  hypothetical protein  31.64 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0804235  normal  0.138859 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.98 
 
 
248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1993  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.750053 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1470  acetoacetyl-CoA reductase  31.76 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1368  acetoacetyl-CoA reductase  31.37 
 
 
247 aa  109  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.194105  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1429  acetoacetyl-CoA reductase  31.76 
 
 
247 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
245 aa  109  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3976  acetoacetyl-CoA reductase  31.37 
 
 
247 aa  109  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  32.54 
 
 
245 aa  110  3e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
288 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
255 aa  109  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 
260 aa  109  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
251 aa  109  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  32.54 
 
 
245 aa  109  5e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  32.68 
 
 
286 aa  109  5e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1043  acetoacetyl-CoA reductase  30.59 
 
 
247 aa  108  6e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.8589  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
285 aa  108  6e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.772817 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  32.52 
 
 
246 aa  108  6e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
246 aa  108  6e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1360  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.13 
 
 
243 aa  108  6e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000468393  normal  0.0479743 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
254 aa  108  7.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  31.23 
 
 
250 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
247 aa  108  7.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.994157  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>