More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2709 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2709  oxidoreductase  100 
 
 
258 aa  521  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  78.12 
 
 
257 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  77.73 
 
 
257 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1563  oxidoreductase  77.73 
 
 
257 aa  407  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.256146 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1536  oxidoreductase  77.73 
 
 
257 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.328678 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1904  oxidoreductase  79.03 
 
 
255 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1670  oxidoreductase  78.63 
 
 
272 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0171077  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34130  oxidoreductase  75.81 
 
 
260 aa  388  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3809  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  76.99 
 
 
241 aa  380  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2027  oxidoreductase  76.11 
 
 
255 aa  362  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.274157  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23950  oxidoreductase  74.21 
 
 
255 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.04 
 
 
256 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
262 aa  273  1.0000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.5 
 
 
254 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.37 
 
 
255 aa  269  2.9999999999999997e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0696  glucose 1-dehydrogenase  55.56 
 
 
252 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1364  putative glucose/ribitol dehydrogenase  55.47 
 
 
257 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.333439999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 
249 aa  243  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.57 
 
 
255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
267 aa  229  3e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.563109 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
249 aa  229  3e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.06 
 
 
306 aa  224  9e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03085  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  51.21 
 
 
250 aa  219  3e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.64 
 
 
249 aa  210  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.675189  normal  0.198967 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.25 
 
 
302 aa  205  4e-52  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.82 
 
 
235 aa  203  2e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.313186  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
249 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.26 
 
 
299 aa  203  3e-51  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
256 aa  199  5e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
254 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000027503  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.58 
 
 
255 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
249 aa  189  4e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
252 aa  188  5.999999999999999e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.184681  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.02 
 
 
225 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1912  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
248 aa  178  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.387305  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0213  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
264 aa  177  2e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0904  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.58 
 
 
256 aa  175  8e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0926  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.58 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
247 aa  159  3e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05160  oxidoreductase  35.32 
 
 
241 aa  159  6e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.87 
 
 
250 aa  154  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
252 aa  152  5e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
269 aa  152  7e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
246 aa  149  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
267 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.239754  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
252 aa  145  6e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.75 
 
 
246 aa  145  8.000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
251 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
257 aa  144  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.416119  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
275 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0214725  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.99 
 
 
266 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
255 aa  143  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
251 aa  143  3e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.35 
 
 
246 aa  142  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
252 aa  142  5e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
260 aa  142  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
253 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
251 aa  142  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
249 aa  142  7e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.879762  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
251 aa  141  8e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  35.92 
 
 
247 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.78 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  35.22 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 
262 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
249 aa  139  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
241 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.40468  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2561  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
241 aa  139  4.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00191799  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
250 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
251 aa  138  7.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4841  sorbitol dehydrogenase  35.46 
 
 
256 aa  137  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 
259 aa  137  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  37.2 
 
 
251 aa  137  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
253 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3692  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
256 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31077  normal  0.893626 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
261 aa  137  2e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
253 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
265 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
262 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
262 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
260 aa  136  3.0000000000000003e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  37.25 
 
 
254 aa  137  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
253 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
255 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
272 aa  136  4e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.101922  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
251 aa  136  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 
255 aa  136  4e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
237 aa  136  4e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
254 aa  135  5e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
245 aa  135  5e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.561182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
245 aa  135  5e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
245 aa  135  5e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.67028  normal  0.072064 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
262 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
263 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
259 aa  135  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>