More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3729 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
249 aa  503  1e-141  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1364  putative glucose/ribitol dehydrogenase  59.14 
 
 
257 aa  281  5.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.333439999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.08 
 
 
255 aa  280  2e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
256 aa  275  6e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.43 
 
 
254 aa  273  1.0000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
262 aa  268  4e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0696  glucose 1-dehydrogenase  56.75 
 
 
252 aa  265  4e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.08 
 
 
255 aa  259  2e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.02 
 
 
249 aa  258  9e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1563  oxidoreductase  57.55 
 
 
257 aa  258  9e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.256146 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  56.73 
 
 
257 aa  257  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1536  oxidoreductase  56.73 
 
 
257 aa  255  4e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.328678 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  56.33 
 
 
257 aa  255  5e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1904  oxidoreductase  56.68 
 
 
255 aa  249  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.35 
 
 
249 aa  249  4e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.675189  normal  0.198967 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34130  oxidoreductase  55.87 
 
 
260 aa  248  6e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1670  oxidoreductase  56.28 
 
 
272 aa  246  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0171077  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  49.22 
 
 
255 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2709  oxidoreductase  55.1 
 
 
258 aa  243  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.55 
 
 
302 aa  241  6e-63  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.62 
 
 
256 aa  238  8e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3809  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  55.1 
 
 
241 aa  238  9e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
249 aa  235  6e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  53.17 
 
 
299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
267 aa  233  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.563109 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
249 aa  233  3e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03085  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  49.4 
 
 
250 aa  230  1e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.24 
 
 
254 aa  229  2e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000027503  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2027  oxidoreductase  56.28 
 
 
255 aa  227  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.274157  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23950  oxidoreductase  55.87 
 
 
255 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0213  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.41 
 
 
264 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0904  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  52.34 
 
 
256 aa  216  4e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0926  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  52.73 
 
 
256 aa  214  7e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.52 
 
 
306 aa  206  3e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
252 aa  205  5e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.184681  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
225 aa  203  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.83 
 
 
235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.313186  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 
247 aa  189  5e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1912  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.24 
 
 
248 aa  176  4e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.387305  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.08 
 
 
266 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
262 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 
262 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
260 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.05 
 
 
250 aa  171  9e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.64 
 
 
262 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
257 aa  170  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
241 aa  169  5e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.40468  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.56 
 
 
261 aa  168  9e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05160  oxidoreductase  37.3 
 
 
241 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.08 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.6 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  41.02 
 
 
257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
254 aa  161  7e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0027  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
245 aa  160  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
262 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0030  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  40 
 
 
245 aa  160  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
252 aa  160  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
246 aa  159  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  41.67 
 
 
250 aa  159  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
249 aa  157  1e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.879762  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.83 
 
 
245 aa  157  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 
253 aa  157  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.41 
 
 
246 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
269 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3702  short chain dehydrogenase  40.84 
 
 
260 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.709318  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.33 
 
 
249 aa  156  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
254 aa  156  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  38.06 
 
 
247 aa  156  4e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3412  short chain dehydrogenase  41.73 
 
 
258 aa  155  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
256 aa  156  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
251 aa  155  4e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
259 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
259 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
259 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5135  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.1 
 
 
251 aa  155  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.971494  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
269 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3487  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  40.74 
 
 
254 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
255 aa  155  8e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
255 aa  155  8e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
256 aa  155  8e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  38.37 
 
 
247 aa  154  9e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
247 aa  154  1e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
253 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.1 
 
 
271 aa  153  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  39 
 
 
258 aa  153  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.18 
 
 
244 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.96 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.96 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
247 aa  152  4e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.02 
 
 
246 aa  152  4e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
252 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.432541  normal  0.506504 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
251 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.55 
 
 
248 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 
255 aa  151  7e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>