More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2905 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 252 aa  507  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.432541  normal  0.506504 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3563  p-cumic alcohol dehydrogenase (CymB)  83.33 
 
 		 252 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.822337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 		 253 aa  209  5e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 		 252 aa  207  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.14 
 
 		 255 aa  180  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3787  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 		 248 aa  177  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 		 252 aa  170  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.950748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7060  short chain dehydrogenase  42.35 
 
 		 255 aa  168  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 		 251 aa  167  1e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0357  putative short-chain dehydrogenase  38.4 
 
 		 246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0963856  hitchhiker  0.00000797271 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 		 265 aa  165  8e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2129  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 		 255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 		 244 aa  163  3e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1600  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  42.23 
 
 		 253 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.897887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 		 246 aa  161  8.000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 		 262 aa  161  9e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0692  sorbitol dehydrogenase  39.92 
 
 		 258 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 		 246 aa  161  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0176  short chain dehydrogenase  41.41 
 
 		 255 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 		 254 aa  160  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3692  short chain dehydrogenase  40.49 
 
 		 256 aa  159  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31077  normal  0.893626 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.31 
 
 		 255 aa  158  7e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1031  sorbitol dehydrogenase  38.43 
 
 		 258 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.466971  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0868  sorbitol dehydrogenase  38.43 
 
 		 258 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0872  sorbitol dehydrogenase  38.43 
 
 		 258 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0330  sorbitol dehydrogenase  38.43 
 
 		 258 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.264194  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3247  sorbitol dehydrogenase  39.33 
 
 		 260 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0320221  normal  0.626785 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0719  sorbitol dehydrogenase  39.7 
 
 		 260 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000035805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0076  sorbitol dehydrogenase  38.43 
 
 		 258 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2462  sorbitol dehydrogenase  38.43 
 
 		 258 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0628  sorbitol dehydrogenase  38.43 
 
 		 258 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 		 262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 261 aa  155  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2622  sorbitol dehydrogenase  38.81 
 
 		 258 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.726937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3955  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.43 
 
 		 249 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.572818  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 		 249 aa  154  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.89 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 		 247 aa  153  2e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5929  sorbitol dehydrogenase  38.43 
 
 		 258 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2514  sorbitol dehydrogenase  38.4 
 
 		 258 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.449953 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2646  sorbitol dehydrogenase  38.78 
 
 		 258 aa  153  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0956  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 		 256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1988  sorbitol dehydrogenase  38.43 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.921173  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 		 254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2598  sorbitol dehydrogenase  38.43 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 		 251 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0489  sorbitol dehydrogenase  38.58 
 
 		 260 aa  152  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.0000937678  hitchhiker  0.00159634 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0699  sorbitol dehydrogenase  38.43 
 
 		 258 aa  152  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.504553 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4841  sorbitol dehydrogenase  37.02 
 
 		 256 aa  152  4e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  41.47 
 
 		 269 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2147  sorbitol dehydrogenase  38.35 
 
 		 256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000207425  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08163  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G02870)  39.3 
 
 		 251 aa  151  7e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.132741 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 		 256 aa  152  7e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 		 269 aa  151  8e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 		 257 aa  151  8.999999999999999e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 		 257 aa  151  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 256 aa  151  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4102  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 256 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.188504 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.65 
 
 		 250 aa  150  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 		 260 aa  150  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.04 
 
 		 248 aa  150  2e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.11 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1500  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 		 256 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0696  glucose 1-dehydrogenase  37.89 
 
 		 252 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3571  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 		 256 aa  149  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0445953  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 		 253 aa  149  3e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00078495  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1106  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 256 aa  149  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.179926  normal  0.355646 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  41.47 
 
 		 269 aa  149  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0638  sorbitol dehydrogenase  39.11 
 
 		 261 aa  149  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.122771  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 		 249 aa  149  4e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.55 
 
 		 246 aa  149  4e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.55 
 
 		 246 aa  149  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 		 251 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4567  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 256 aa  148  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.16205  hitchhiker  0.000267636 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.65 
 
 		 244 aa  148  7e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 		 253 aa  148  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 		 251 aa  148  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1308  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 		 256 aa  148  7e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.480054  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 		 253 aa  148  7e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 		 275 aa  148  7e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4234  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 		 252 aa  148  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 		 257 aa  148  8e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1335  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2495  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.98 
 
 		 249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 		 251 aa  148  1.0000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0973  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0594  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.512344  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2503  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.11 
 
 		 246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000353478  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1235  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0318  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.594764  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 		 256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.17 
 
 		 246 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.890933  normal  0.0516654 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  35.69 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 		 256 aa  145  4.0000000000000006e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  40.49 
 
 		 256 aa  145  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 		 249 aa  145  5e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  40.49 
 
 		 256 aa  145  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>