More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4102 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4102  short chain dehydrogenase  100 
 
 
256 aa  501  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.188504 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4567  short chain dehydrogenase  98.83 
 
 
256 aa  495  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.16205  hitchhiker  0.000267636 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1106  short chain dehydrogenase  94.14 
 
 
256 aa  473  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.179926  normal  0.355646 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5592  short chain dehydrogenase  92.97 
 
 
256 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0383111 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3659  short chain dehydrogenase  92.97 
 
 
256 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.821403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4708  short chain dehydrogenase  92.97 
 
 
256 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.978516  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3985  short chain dehydrogenase  90.62 
 
 
256 aa  454  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473882  normal  0.0186737 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0973  short chain dehydrogenase  82.28 
 
 
256 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1335  short chain dehydrogenase  82.28 
 
 
256 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2495  short chain dehydrogenase  82.28 
 
 
256 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0318  short chain dehydrogenase  82.28 
 
 
256 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.594764  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0594  short chain dehydrogenase  82.28 
 
 
256 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.512344  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1235  short chain dehydrogenase  82.28 
 
 
256 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7060  short chain dehydrogenase  80.24 
 
 
255 aa  400  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1308  short chain dehydrogenase  81.89 
 
 
256 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.480054  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1500  short chain dehydrogenase  81.12 
 
 
256 aa  397  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4234  short chain dehydrogenase  77.6 
 
 
252 aa  388  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0176  short chain dehydrogenase  78.91 
 
 
255 aa  378  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4641  short chain dehydrogenase  66.4 
 
 
257 aa  312  2.9999999999999996e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.299413  normal  0.128301 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4509  short chain dehydrogenase  66.4 
 
 
257 aa  312  2.9999999999999996e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0956  short chain dehydrogenase  60.08 
 
 
256 aa  298  4e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.11 
 
 
271 aa  295  4e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.882285  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3571  short chain dehydrogenase  61.54 
 
 
256 aa  295  5e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0445953  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3692  short chain dehydrogenase  59.11 
 
 
256 aa  289  3e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31077  normal  0.893626 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3966  short chain dehydrogenase  60.48 
 
 
251 aa  273  2.0000000000000002e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0133  short chain dehydrogenase  52.17 
 
 
256 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
252 aa  193  3e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
251 aa  165  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1600  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  44.31 
 
 
253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.897887  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.41 
 
 
246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
253 aa  162  6e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3563  p-cumic alcohol dehydrogenase (CymB)  41.73 
 
 
252 aa  155  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.822337  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0357  putative short-chain dehydrogenase  40.8 
 
 
246 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0963856  hitchhiker  0.00000797271 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0435  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.49 
 
 
250 aa  154  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.137022  normal  0.193907 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
265 aa  154  2e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
267 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
251 aa  152  5.9999999999999996e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.89 
 
 
246 aa  151  8.999999999999999e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
246 aa  151  8.999999999999999e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
246 aa  150  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
250 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
256 aa  149  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.15 
 
 
248 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
264 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
256 aa  148  9e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10784  short chain dehydrogenase  40.74 
 
 
248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  33.2 
 
 
247 aa  146  3e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  32.8 
 
 
250 aa  146  3e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
260 aa  145  5e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0619  putative short-chain dehydrogenase/reductase  40.93 
 
 
282 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.7915  normal  0.0642608 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
252 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.432541  normal  0.506504 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.74 
 
 
246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.4 
 
 
247 aa  145  7.0000000000000006e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
248 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.44 
 
 
245 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12034  20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase fabG3  40 
 
 
260 aa  144  1e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.74 
 
 
246 aa  144  1e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0665  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  34.01 
 
 
246 aa  144  1e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.719138  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
254 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
254 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 
253 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4672  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
253 aa  143  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.572467  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
246 aa  144  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
266 aa  143  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
254 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.27 
 
 
245 aa  143  3e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
249 aa  143  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2588  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.58 
 
 
248 aa  142  5e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
255 aa  142  6e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
245 aa  142  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
249 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2001  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.93 
 
 
245 aa  142  7e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.08 
 
 
245 aa  142  7e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.96 
 
 
245 aa  142  7e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
264 aa  142  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7331  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.89 
 
 
249 aa  141  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.753901  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.57 
 
 
302 aa  141  9e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  39.92 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3787  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
248 aa  141  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
252 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.63 
 
 
255 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.15 
 
 
248 aa  141  9.999999999999999e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_004310  BR2039  glucose 1-dehydrogenase, putative  37.96 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0380824  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.58 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0669  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.58 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.154574  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.416119  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1961  putative glucose 1-dehydrogenase  38.37 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.536357  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0458  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.44 
 
 
245 aa  140  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.29 
 
 
246 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.99 
 
 
249 aa  139  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.44 
 
 
245 aa  140  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.82564  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
266 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.227086 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
251 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.612185 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>