More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2843 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  520  1e-147  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2129  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.14 
 
 
255 aa  412  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.31 
 
 
252 aa  232  3e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
253 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3563  p-cumic alcohol dehydrogenase (CymB)  43.48 
 
 
252 aa  192  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.822337  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
252 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.432541  normal  0.506504 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3787  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
248 aa  177  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.77 
 
 
249 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0357  putative short-chain dehydrogenase  38.91 
 
 
246 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0963856  hitchhiker  0.00000797271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4911  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
265 aa  171  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
251 aa  168  6e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
250 aa  166  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
248 aa  166  4e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1189  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
258 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.169392  normal  0.557089 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
253 aa  164  9e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3850  sorbitol dehydrogenase  40.78 
 
 
256 aa  163  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1600  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  40 
 
 
253 aa  161  9e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.897887  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
249 aa  159  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
251 aa  159  4e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
256 aa  158  8e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
250 aa  157  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
253 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.94 
 
 
246 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
249 aa  156  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
253 aa  156  4e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
251 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
250 aa  155  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
251 aa  155  8e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
257 aa  154  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.76 
 
 
255 aa  154  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
264 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
248 aa  154  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
249 aa  153  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
261 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
268 aa  154  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.552464 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2514  sorbitol dehydrogenase  39.45 
 
 
258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.449953 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
252 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
260 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0856729  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
260 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00824711  normal  0.0431071 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
254 aa  152  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2646  sorbitol dehydrogenase  39.06 
 
 
258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.22 
 
 
254 aa  152  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.91 
 
 
250 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.67 
 
 
246 aa  152  7e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10784  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
248 aa  151  8e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
246 aa  151  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
254 aa  151  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
250 aa  151  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7060  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
255 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
249 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00209875  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0692  sorbitol dehydrogenase  39.45 
 
 
258 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0719  sorbitol dehydrogenase  38.28 
 
 
260 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000035805  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.55 
 
 
299 aa  149  3e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
262 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
258 aa  149  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0176  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 
255 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3247  sorbitol dehydrogenase  37.89 
 
 
260 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0320221  normal  0.626785 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
246 aa  149  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
250 aa  149  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.147758  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4841  sorbitol dehydrogenase  37.5 
 
 
256 aa  149  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
276 aa  149  5e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.79 
 
 
269 aa  149  5e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
251 aa  148  6e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.795083  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
244 aa  148  6e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291511  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
247 aa  149  6e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
252 aa  148  7e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.82 
 
 
302 aa  148  7e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
246 aa  148  8e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
252 aa  148  9e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
260 aa  148  9e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3571  sorbitol dehydrogenase  36.33 
 
 
258 aa  148  9e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
282 aa  148  9e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  35.14 
 
 
247 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0868  sorbitol dehydrogenase  39.06 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1031  sorbitol dehydrogenase  39.06 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.466971  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
280 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 
248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2906  sorbitol dehydrogenase  38.91 
 
 
255 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.205438 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  35.52 
 
 
250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1988  sorbitol dehydrogenase  39.06 
 
 
276 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.921173  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2598  sorbitol dehydrogenase  39.06 
 
 
276 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2622  sorbitol dehydrogenase  39.06 
 
 
258 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.726937  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.43 
 
 
250 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0872  sorbitol dehydrogenase  39.06 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4234  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159561  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
257 aa  146  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.952588  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>