More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0620 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  100 
 
 
250 aa  506  9.999999999999999e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.29 
 
 
253 aa  341  7e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.75 
 
 
260 aa  304  9.000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.35 
 
 
262 aa  294  1e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.32 
 
 
262 aa  292  4e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  58.8 
 
 
266 aa  289  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.4 
 
 
262 aa  284  8e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.77 
 
 
261 aa  283  1.0000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.11 
 
 
267 aa  282  3.0000000000000004e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.239754  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.1 
 
 
275 aa  281  7.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.52 
 
 
262 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.66 
 
 
265 aa  272  3e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.13 
 
 
262 aa  271  6e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
271 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.13 
 
 
262 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
262 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
259 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7112  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
248 aa  181  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.912642 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
250 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.46093  decreased coverage  0.00000100027 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
267 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
255 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  42.39 
 
 
252 aa  175  7e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000512545 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
247 aa  169  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790972  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2807  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
253 aa  169  4e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.422647 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
275 aa  168  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.8 
 
 
249 aa  167  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017919 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  40.16 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.52 
 
 
254 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.68 
 
 
252 aa  161  7e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
261 aa  161  8.000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  38.8 
 
 
260 aa  159  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
249 aa  159  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
251 aa  158  8e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.137586 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.48 
 
 
248 aa  157  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2588  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.86 
 
 
248 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1854  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
257 aa  157  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00947087  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
262 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 
254 aa  156  3e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
286 aa  155  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000174886  normal  0.399546 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
268 aa  155  4e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.552464 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4557  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.221009  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  37.85 
 
 
259 aa  155  6e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.59 
 
 
250 aa  155  6e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.59 
 
 
250 aa  155  6e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
246 aa  155  6e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
259 aa  155  7e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.92 
 
 
245 aa  154  9e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
247 aa  154  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
256 aa  154  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0664  cylG protein  37.39 
 
 
240 aa  154  2e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20330  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
281 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
269 aa  153  2e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0508  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.89 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0067  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.83 
 
 
247 aa  152  4e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
265 aa  152  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.76513  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
261 aa  152  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
277 aa  152  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.3 
 
 
248 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
255 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.17 
 
 
247 aa  151  8.999999999999999e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 
246 aa  151  8.999999999999999e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.92 
 
 
245 aa  151  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.04 
 
 
246 aa  150  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
254 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
254 aa  150  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  36.11 
 
 
259 aa  150  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.04 
 
 
246 aa  150  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.39 
 
 
245 aa  150  2e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
248 aa  150  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
252 aa  150  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
276 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
245 aa  149  3e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.59 
 
 
247 aa  149  4e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
268 aa  149  4e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1154  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  35.8 
 
 
253 aa  149  4e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000294561  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
251 aa  149  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 
249 aa  149  4e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.737465 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
251 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.612185 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
245 aa  149  5e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
249 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2898  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
274 aa  149  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.40522  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
255 aa  148  6e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
267 aa  148  6e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
249 aa  149  6e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
249 aa  148  6e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.912822  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
256 aa  148  7e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
242 aa  148  7e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0991  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  35.8 
 
 
253 aa  148  7e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.34 
 
 
245 aa  148  8e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
255 aa  148  8e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.644863  normal  0.553808 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  36.76 
 
 
259 aa  148  9e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
261 aa  148  9e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
287 aa  147  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1563  oxidoreductase  36.97 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.256146 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.25 
 
 
248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>