More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3027 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  100 
 
 
259 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.58 
 
 
259 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4222  putative Levodione reductase  72.97 
 
 
257 aa  350  8.999999999999999e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.69 
 
 
258 aa  209  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 
258 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 
258 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
258 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 
251 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
252 aa  188  7e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
263 aa  186  4e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  39.92 
 
 
256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.06 
 
 
249 aa  181  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.87 
 
 
247 aa  180  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
263 aa  179  4.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  38.04 
 
 
255 aa  178  5.999999999999999e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
261 aa  178  8e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
255 aa  178  8e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
256 aa  176  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
258 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
261 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
256 aa  175  5e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.34 
 
 
246 aa  176  5e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  40 
 
 
249 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
261 aa  175  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
282 aa  175  6e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
248 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.94 
 
 
246 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  38.19 
 
 
261 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
246 aa  173  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.63 
 
 
255 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
252 aa  172  5.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
257 aa  171  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
251 aa  171  7.999999999999999e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
256 aa  171  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
269 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.368434  normal  0.604753 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
254 aa  170  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
253 aa  170  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3057  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  42.46 
 
 
246 aa  169  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.030998  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
253 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
253 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  40 
 
 
253 aa  168  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  40 
 
 
253 aa  168  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  40.39 
 
 
253 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.29 
 
 
249 aa  168  9e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
281 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223454  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
245 aa  167  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.87 
 
 
246 aa  167  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  40.78 
 
 
253 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
250 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.67 
 
 
262 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  40.78 
 
 
253 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 
264 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
253 aa  167  2e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.15 
 
 
257 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
249 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
265 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
247 aa  167  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1600  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
248 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766796  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  40.55 
 
 
254 aa  165  5e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
248 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
253 aa  165  6.9999999999999995e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
253 aa  165  8e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
263 aa  165  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  38.28 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
249 aa  163  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  38.46 
 
 
257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.7 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  42.06 
 
 
246 aa  162  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
246 aa  163  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
251 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
246 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  40.87 
 
 
262 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
244 aa  162  3e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
260 aa  163  3e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1323  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
249 aa  162  5.0000000000000005e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
252 aa  162  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  41.83 
 
 
248 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
255 aa  161  7e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.271838  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
321 aa  161  9e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00780913  normal  0.965318 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
250 aa  160  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758731  normal  0.103076 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.53 
 
 
250 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.53 
 
 
250 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
250 aa  161  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
251 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.2 
 
 
265 aa  160  2e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
263 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289051  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
249 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>