More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2421 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
259 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  89.58 
 
 
259 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4222  putative Levodione reductase  71.81 
 
 
257 aa  358  5e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
258 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 
258 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 
258 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.68 
 
 
258 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 
251 aa  187  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  39.76 
 
 
256 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
263 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
252 aa  181  8.000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.52 
 
 
246 aa  180  2e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  39.76 
 
 
261 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.13 
 
 
246 aa  178  7e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 
255 aa  178  9e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
261 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
261 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
263 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
261 aa  176  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
246 aa  175  8e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
261 aa  174  9e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.08 
 
 
249 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
256 aa  172  5e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
256 aa  172  5.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.16 
 
 
257 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
281 aa  171  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223454  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
249 aa  171  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
252 aa  171  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 
249 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
248 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  40 
 
 
253 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
255 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
257 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 
255 aa  169  3e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  40.55 
 
 
254 aa  170  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
249 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  39.61 
 
 
253 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
269 aa  168  6e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.368434  normal  0.604753 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
244 aa  168  6e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
249 aa  168  8e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.89 
 
 
246 aa  167  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
282 aa  168  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
253 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  42.63 
 
 
248 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
258 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
265 aa  165  5.9999999999999996e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
251 aa  165  5.9999999999999996e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
253 aa  164  9e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.9 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  40.78 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.89 
 
 
262 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
260 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.45 
 
 
250 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
263 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289051  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
252 aa  163  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.76 
 
 
244 aa  163  3e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
246 aa  163  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  39.61 
 
 
253 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
264 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197949 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 
249 aa  162  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
253 aa  162  6e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  40 
 
 
253 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
248 aa  161  8.000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
253 aa  161  8.000000000000001e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1101  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.15 
 
 
258 aa  161  9e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.845922 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
249 aa  161  9e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
246 aa  161  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.47 
 
 
262 aa  160  1e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
250 aa  161  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  40.48 
 
 
262 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
247 aa  160  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1600  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
248 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766796  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
262 aa  160  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
251 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700945 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
250 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
252 aa  160  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3941  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.77 
 
 
258 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4249  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.77 
 
 
258 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4051  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.77 
 
 
258 aa  159  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
252 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
253 aa  159  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
250 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4157  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.77 
 
 
258 aa  159  4e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.212799  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
250 aa  159  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4137  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.77 
 
 
258 aa  159  4e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.531787  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
265 aa  159  4e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
246 aa  159  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
248 aa  159  5e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1817  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.06 
 
 
261 aa  158  6e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.181531  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4649  short chain dehydrogenase  38.7 
 
 
261 aa  159  6e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21279  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3773  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.77 
 
 
258 aa  158  8e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>