More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5999 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
263 aa  527  1e-149  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.51 
 
 
263 aa  451  1.0000000000000001e-126  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.58 
 
 
256 aa  256  2e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  38.13 
 
 
259 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
248 aa  178  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
259 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
282 aa  176  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
261 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
258 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
250 aa  171  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
253 aa  169  3e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
251 aa  168  7e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
254 aa  168  9e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  40.39 
 
 
249 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
244 aa  168  1e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
257 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4222  putative Levodione reductase  38.43 
 
 
257 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.2 
 
 
272 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  37.8 
 
 
256 aa  166  4e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
258 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
263 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
272 aa  162  4.0000000000000004e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
272 aa  162  4.0000000000000004e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
256 aa  162  5.0000000000000005e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
258 aa  162  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3702  short chain dehydrogenase  35.88 
 
 
260 aa  161  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.709318  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
250 aa  161  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
255 aa  161  9e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
250 aa  160  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0741311 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  35.69 
 
 
272 aa  160  2e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
252 aa  160  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
255 aa  160  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
257 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
255 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
251 aa  159  4e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
249 aa  159  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.43 
 
 
244 aa  159  5e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0588  short chain dehydrogenase  35.5 
 
 
260 aa  158  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.194347  normal  0.0391008 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
251 aa  158  9e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
253 aa  157  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
253 aa  158  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0137  short chain dehydrogenase  35.11 
 
 
260 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0600475  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
252 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0620  short chain dehydrogenase  35.11 
 
 
260 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.822121  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
252 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  36.25 
 
 
262 aa  156  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
253 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.74 
 
 
262 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
250 aa  155  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.117153  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
252 aa  155  7e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.39 
 
 
249 aa  155  8e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
252 aa  155  9e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
252 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.352293  normal  0.915226 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.36 
 
 
246 aa  154  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  34.36 
 
 
261 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
261 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
261 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
252 aa  154  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02320  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
254 aa  154  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.278607  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36 
 
 
266 aa  153  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
246 aa  153  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2285  acetoacetyl-CoA reductase  35.94 
 
 
255 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00853533 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
246 aa  152  4e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
255 aa  152  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.52 
 
 
247 aa  153  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
252 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
251 aa  152  5e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
245 aa  152  5e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
260 aa  152  5.9999999999999996e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  35.86 
 
 
253 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
246 aa  152  7e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1563  short-chain alcohol dehydrogenase  36.92 
 
 
266 aa  151  8e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147181  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
263 aa  150  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 
263 aa  150  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
255 aa  151  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 
263 aa  150  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3838  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
272 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0844914  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  36.68 
 
 
252 aa  151  1e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
250 aa  151  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
258 aa  150  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
258 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 
263 aa  150  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3597  short chain dehydrogenase  34.12 
 
 
259 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
256 aa  151  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 
263 aa  150  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  35.46 
 
 
253 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.33 
 
 
261 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  37.65 
 
 
247 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
251 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.58 
 
 
252 aa  150  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
264 aa  150  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>