More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1396 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 253 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  95.65 
 
 		 253 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  94.86 
 
 		 253 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  92.89 
 
 		 253 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  83.79 
 
 		 253 aa  428  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  84.19 
 
 		 253 aa  427  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  83.79 
 
 		 253 aa  430  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  82.21 
 
 		 253 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.91 
 
 		 253 aa  379  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.36 
 
 		 252 aa  271  9e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  52.16 
 
 		 255 aa  260  2e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  51.6 
 
 		 251 aa  256  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 		 257 aa  249  3e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.63 
 
 		 253 aa  248  6e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  52.02 
 
 		 249 aa  244  9e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.77 
 
 		 256 aa  241  7e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 		 258 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  48.79 
 
 		 256 aa  239  4e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.67 
 
 		 272 aa  228  9e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.58 
 
 		 250 aa  224  9e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.57 
 
 		 248 aa  222  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.69 
 
 		 253 aa  222  4.9999999999999996e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.5 
 
 		 265 aa  219  1.9999999999999999e-56  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 		 255 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.94 
 
 		 262 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.16 
 
 		 282 aa  217  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.77 
 
 		 255 aa  217  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.25 
 
 		 255 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 		 250 aa  213  2.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 		 256 aa  211  1e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 		 252 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 		 252 aa  209  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 		 253 aa  209  3e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 		 255 aa  209  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.09 
 
 		 251 aa  208  6e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.09 
 
 		 251 aa  208  6e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.91 
 
 		 252 aa  208  8e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.37 
 
 		 248 aa  206  3e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 		 257 aa  206  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 		 258 aa  205  6e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 		 251 aa  205  7e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  46.59 
 
 		 251 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.91 
 
 		 260 aa  204  1e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.35 
 
 		 255 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 		 254 aa  201  7e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 		 252 aa  201  8e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 		 255 aa  201  9e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 		 251 aa  201  9e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  47.95 
 
 		 262 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 		 254 aa  199  3.9999999999999996e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 		 251 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 		 258 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  44.84 
 
 		 257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 		 258 aa  197  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 		 267 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 		 250 aa  195  6e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 		 252 aa  195  7e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 		 255 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  43.82 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 		 252 aa  193  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 		 264 aa  192  3e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 		 252 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 		 258 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 		 252 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.352293  normal  0.915226 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 		 265 aa  192  6e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 		 248 aa  191  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 		 258 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 		 258 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 		 246 aa  190  1e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  43.95 
 
 		 248 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.8 
 
 		 255 aa  191  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 		 257 aa  190  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 		 250 aa  190  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 		 256 aa  190  2e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 251 aa  189  4e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 		 252 aa  188  7e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 		 246 aa  188  7e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 		 252 aa  188  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3036  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 		 252 aa  188  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0329583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 		 252 aa  188  8e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 		 252 aa  188  8e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.566971  normal  0.585219 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 		 249 aa  188  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  41.43 
 
 		 247 aa  187  1e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 		 252 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  41.04 
 
 		 247 aa  186  2e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1600  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 		 248 aa  185  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766796  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.34 
 
 		 274 aa  185  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0720968  normal  0.127644 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 		 256 aa  184  8e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 		 270 aa  184  8e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309971 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.8 
 
 		 249 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01006  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  43.32 
 
 		 255 aa  182  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 		 246 aa  182  3e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.2 
 
 		 246 aa  182  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 		 263 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 		 250 aa  182  5.0000000000000004e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02320  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 		 254 aa  181  9.000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.278607  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.69 
 
 		 246 aa  181  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.04 
 
 		 249 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>