More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1914 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  522  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02320  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.71 
 
 
254 aa  342  4e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.278607  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.16 
 
 
253 aa  316  3e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.81 
 
 
252 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.352293  normal  0.915226 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
252 aa  256  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3036  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.41 
 
 
252 aa  255  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0329583  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.81 
 
 
252 aa  254  6e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.81 
 
 
252 aa  254  6e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.81 
 
 
252 aa  254  7e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
252 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
248 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  43.2 
 
 
253 aa  205  6e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  42.4 
 
 
253 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  42.4 
 
 
253 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  42 
 
 
253 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  41.2 
 
 
253 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
252 aa  191  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
254 aa  190  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  42.13 
 
 
253 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
253 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
258 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
263 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
256 aa  181  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
272 aa  180  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
247 aa  178  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
248 aa  177  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.47 
 
 
277 aa  177  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  42.13 
 
 
253 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
258 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
251 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
260 aa  177  2e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
282 aa  175  7e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01006  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  38.82 
 
 
255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  41.46 
 
 
251 aa  172  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
253 aa  171  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
245 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
250 aa  171  1e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
251 aa  170  2e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
255 aa  170  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
255 aa  169  4e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
256 aa  169  4e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
264 aa  169  4e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
255 aa  168  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.25 
 
 
262 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
258 aa  167  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
252 aa  167  2e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
258 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
253 aa  166  4e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
252 aa  165  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
250 aa  165  5.9999999999999996e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.759326 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
255 aa  165  8e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
258 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  38.15 
 
 
253 aa  163  3e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
251 aa  163  3e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
251 aa  163  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  37.35 
 
 
251 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
258 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
258 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
251 aa  161  9e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
250 aa  161  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
260 aa  161  1e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.35072  normal  0.362703 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
252 aa  160  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
269 aa  160  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.255418  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
251 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
255 aa  159  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
250 aa  159  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
252 aa  159  4e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
246 aa  159  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
249 aa  159  6e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
251 aa  158  1e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
256 aa  157  1e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
248 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
255 aa  157  2e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  35.51 
 
 
256 aa  156  3e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
252 aa  156  3e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  37.65 
 
 
262 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  36.68 
 
 
259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
262 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
253 aa  154  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.41 
 
 
246 aa  153  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.41 
 
 
246 aa  153  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.82 
 
 
272 aa  154  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.41 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.82 
 
 
252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3057  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.55 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.030998  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.41 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  36.76 
 
 
257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 
263 aa  152  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289051  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
257 aa  152  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
250 aa  152  5.9999999999999996e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
254 aa  152  7e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>