More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3260 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.24 
 
 
255 aa  342  4e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.02 
 
 
255 aa  315  4e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.75 
 
 
255 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  62.75 
 
 
253 aa  310  1e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.04 
 
 
255 aa  300  1e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3787  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.91 
 
 
169 aa  288  8e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19741  normal  0.511664 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  56.05 
 
 
251 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.78 
 
 
257 aa  247  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.99 
 
 
256 aa  244  9.999999999999999e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
252 aa  244  9.999999999999999e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.8 
 
 
258 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  48.81 
 
 
256 aa  228  6e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
253 aa  226  4e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 
248 aa  224  9e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 
282 aa  223  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  46.9 
 
 
253 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
251 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  48.82 
 
 
253 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  46.69 
 
 
253 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  46.12 
 
 
253 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.61 
 
 
262 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  45.77 
 
 
253 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  46.54 
 
 
253 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  45.74 
 
 
253 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.24 
 
 
253 aa  209  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  41.86 
 
 
255 aa  209  3e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
250 aa  209  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  42.46 
 
 
249 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35480  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.27 
 
 
208 aa  204  8e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
258 aa  204  9e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  45.53 
 
 
251 aa  202  4e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.97 
 
 
252 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.27 
 
 
252 aa  201  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  47.24 
 
 
253 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
251 aa  199  5e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
253 aa  197  1.0000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
258 aa  197  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.26 
 
 
265 aa  196  3e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
255 aa  195  6e-49  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
272 aa  194  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 
246 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
250 aa  194  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
256 aa  193  3e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
252 aa  190  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
253 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.71 
 
 
263 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
252 aa  188  5.999999999999999e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
258 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.09 
 
 
252 aa  187  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
256 aa  187  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.57 
 
 
246 aa  186  3e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
251 aa  186  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
252 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
252 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
252 aa  185  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 
248 aa  184  9e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  42.28 
 
 
255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.17 
 
 
246 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
252 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
254 aa  182  4.0000000000000006e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
258 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
258 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3036  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
252 aa  181  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0329583  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
260 aa  181  9.000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
252 aa  181  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 
250 aa  181  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.759326 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
252 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
252 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
260 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
257 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
252 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.352293  normal  0.915226 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
251 aa  178  5.999999999999999e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
251 aa  178  5.999999999999999e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
250 aa  178  5.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.25 
 
 
261 aa  178  8e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
250 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
260 aa  177  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.375615 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
254 aa  177  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
256 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
255 aa  176  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
267 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
248 aa  174  9e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
276 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4051  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.22 
 
 
258 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  40.16 
 
 
252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.84 
 
 
262 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4157  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.22 
 
 
258 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.212799  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
252 aa  172  2.9999999999999996e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3941  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.84 
 
 
258 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3773  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.22 
 
 
258 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4249  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.84 
 
 
258 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
258 aa  172  5.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
250 aa  172  6.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02320  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
254 aa  172  6.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.278607  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>