More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02320 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02320  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
254 aa  518  1e-146  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.278607  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.71 
 
 
255 aa  342  4e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.29 
 
 
253 aa  293  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
252 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
252 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.352293  normal  0.915226 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.21 
 
 
248 aa  242  5e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.19 
 
 
252 aa  241  6e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.19 
 
 
252 aa  241  6e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3036  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
252 aa  240  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0329583  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
252 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
252 aa  235  4e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.14 
 
 
277 aa  192  6e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 
253 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 
253 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 
253 aa  184  9e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
252 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 
253 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  39.53 
 
 
253 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
253 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 
272 aa  178  7e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
251 aa  178  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
260 aa  176  2e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
254 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
264 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  38.25 
 
 
253 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
253 aa  169  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
245 aa  168  6e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
258 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
251 aa  166  4e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  37.96 
 
 
248 aa  164  9e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  39.59 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  36.73 
 
 
256 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
258 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
255 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
251 aa  160  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
251 aa  160  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
249 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
263 aa  160  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
257 aa  159  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
248 aa  159  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
282 aa  159  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
251 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
256 aa  159  5e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
258 aa  159  6e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
255 aa  159  6e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  34.26 
 
 
255 aa  159  6e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2879  putative alcohol dehydrogenase, zinc-independent  36.47 
 
 
265 aa  158  8e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.575303  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
250 aa  157  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
252 aa  157  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01006  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  36.58 
 
 
255 aa  155  6e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
249 aa  155  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
253 aa  155  8e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
252 aa  155  8e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  38.87 
 
 
257 aa  154  9e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
258 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
250 aa  154  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
263 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
250 aa  153  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.45 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.42 
 
 
272 aa  152  4e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  38.25 
 
 
253 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
258 aa  151  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
258 aa  151  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  35.37 
 
 
255 aa  151  1e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1600  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
248 aa  150  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766796  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
257 aa  150  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
245 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.65 
 
 
246 aa  150  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
251 aa  150  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
249 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  37.35 
 
 
256 aa  149  5e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  35.22 
 
 
253 aa  149  6e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.08 
 
 
252 aa  149  6e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
255 aa  148  8e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  36.9 
 
 
259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.47 
 
 
262 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  36.29 
 
 
252 aa  146  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
246 aa  146  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
255 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
262 aa  146  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
252 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
253 aa  145  5e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
254 aa  145  5e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
263 aa  145  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
256 aa  145  7.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB00370  fatty acid beta-oxidation-related protein, putative  39.25 
 
 
292 aa  145  8.000000000000001e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.170907  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
249 aa  144  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
262 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.6 
 
 
248 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
270 aa  144  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.94 
 
 
247 aa  144  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
254 aa  144  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
247 aa  144  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
252 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2964  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  35.89 
 
 
248 aa  143  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.95662  hitchhiker  0.0000180421 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2523  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  35.89 
 
 
248 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>