More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2863 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
248 aa  500  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3036  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.45 
 
 
252 aa  278  7e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0329583  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
252 aa  278  8e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
252 aa  275  6e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
252 aa  275  6e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.24 
 
 
252 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.352293  normal  0.915226 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 
252 aa  269  4e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 
252 aa  265  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
253 aa  246  2e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02320  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.21 
 
 
254 aa  242  3.9999999999999997e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.278607  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
255 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.46 
 
 
277 aa  191  8e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  42.13 
 
 
253 aa  187  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
253 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
254 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
252 aa  179  4e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  38.34 
 
 
253 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
255 aa  176  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  38.34 
 
 
253 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  38.34 
 
 
253 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  38.34 
 
 
253 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  37.94 
 
 
253 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
260 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
272 aa  173  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
253 aa  169  3e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
255 aa  169  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
264 aa  167  1e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
253 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
251 aa  166  2e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
244 aa  166  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
247 aa  166  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
255 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
251 aa  166  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
248 aa  166  4e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
257 aa  166  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
258 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
255 aa  165  5.9999999999999996e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
263 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
256 aa  162  3e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  39.92 
 
 
251 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
258 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  37.05 
 
 
253 aa  161  8.000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
250 aa  160  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.168106  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
250 aa  159  3e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
253 aa  159  3e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4948  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.33 
 
 
250 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539161  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  36.72 
 
 
255 aa  158  6e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
257 aa  158  8e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
246 aa  158  9e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
253 aa  158  9e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
256 aa  157  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.31 
 
 
246 aa  157  1e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  37.8 
 
 
256 aa  156  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0693  acetoin reductase  36.22 
 
 
259 aa  157  2e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0373787  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
257 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
258 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
282 aa  155  4e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.31 
 
 
246 aa  155  4e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
253 aa  155  5.0000000000000005e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
256 aa  155  7e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
256 aa  154  9e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
253 aa  154  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
255 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
255 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.29 
 
 
247 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
263 aa  153  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
250 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
248 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
245 aa  154  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
258 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.585241  normal  0.0114993 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
262 aa  152  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
252 aa  152  4e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
251 aa  152  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
270 aa  152  5e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4369  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
246 aa  152  5e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
263 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
249 aa  151  7e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0620  putative short-chain dehydrogenase/reductase  37.1 
 
 
277 aa  151  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.096892 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
263 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
263 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
263 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
263 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
259 aa  151  8.999999999999999e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
262 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
259 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  37.86 
 
 
262 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11380  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 
247 aa  149  3e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.833794 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
277 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
248 aa  149  4e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.48 
 
 
264 aa  149  4e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.390803 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  34.01 
 
 
252 aa  149  4e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3955  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.29 
 
 
249 aa  149  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.572818  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.48 
 
 
264 aa  149  4e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1738  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.48 
 
 
264 aa  149  4e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0727  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.26 
 
 
249 aa  149  5e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
258 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
259 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>