More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3452 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_3452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  490  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.759326 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.45 
 
 
262 aa  303  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  54.47 
 
 
256 aa  257  1e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.99 
 
 
251 aa  252  4.0000000000000004e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
251 aa  244  9.999999999999999e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  51.01 
 
 
252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.01 
 
 
249 aa  233  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
252 aa  231  6e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
256 aa  227  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
250 aa  221  7e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
250 aa  221  7e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48 
 
 
251 aa  220  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.82 
 
 
282 aa  215  5e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.603187  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
277 aa  211  9e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0429275  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
258 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.53 
 
 
262 aa  205  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
251 aa  205  6e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
321 aa  204  9e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00780913  normal  0.965318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
248 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
252 aa  203  2e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.9 
 
 
252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
282 aa  199  3e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
257 aa  198  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.77 
 
 
268 aa  196  3e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.150749 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
253 aa  195  5.000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
255 aa  193  2e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.88 
 
 
253 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
252 aa  192  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  40 
 
 
255 aa  193  3e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
246 aa  191  7e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
253 aa  190  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.5 
 
 
246 aa  189  2.9999999999999997e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
254 aa  189  5e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
252 aa  188  5.999999999999999e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  40.73 
 
 
256 aa  188  8e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.5 
 
 
246 aa  187  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
251 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 
252 aa  187  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
250 aa  185  7e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.21 
 
 
250 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 
249 aa  182  3e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  41.39 
 
 
247 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
257 aa  182  6e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 
249 aa  181  1e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
255 aa  180  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  41.27 
 
 
253 aa  180  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 
255 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  41.15 
 
 
247 aa  179  4e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
253 aa  178  5.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.56 
 
 
248 aa  178  8e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
255 aa  177  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
258 aa  177  1e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
256 aa  177  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  44.05 
 
 
257 aa  177  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
262 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_43336  Glucose 1-dehydrogenase peroxisomal 2,4- dienoyl-CoA reductase  40.94 
 
 
253 aa  177  2e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
256 aa  175  5e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  38.87 
 
 
249 aa  175  6e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
251 aa  174  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
265 aa  175  8e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  40.48 
 
 
253 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  41.46 
 
 
251 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
253 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
251 aa  172  5e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
247 aa  172  5e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
246 aa  172  5.999999999999999e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000018635 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
255 aa  171  6.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.423234  normal  0.0918658 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
255 aa  171  6.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
258 aa  171  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
258 aa  171  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17790  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  42.97 
 
 
288 aa  171  1e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.40467 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.94 
 
 
251 aa  171  1e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
252 aa  171  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
248 aa  171  1e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
253 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
253 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 
253 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
254 aa  169  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.35 
 
 
257 aa  169  3e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
252 aa  169  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.43 
 
 
246 aa  168  6e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
255 aa  169  6e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
255 aa  167  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.43 
 
 
246 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.02 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
256 aa  166  4e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
250 aa  165  5e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.6 
 
 
246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.34144  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.168106  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  41.83 
 
 
253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.561182  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>