More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5225 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
257 aa  514  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
257 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  47.97 
 
 
256 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.59 
 
 
252 aa  214  9.999999999999999e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
255 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.99 
 
 
253 aa  203  2e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
256 aa  202  5e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.98 
 
 
263 aa  201  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 
255 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  45.82 
 
 
253 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  43.25 
 
 
255 aa  193  2e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
258 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  45.02 
 
 
253 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  45.02 
 
 
253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  43.82 
 
 
253 aa  189  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
251 aa  186  3e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
255 aa  186  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  44.62 
 
 
253 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  46.31 
 
 
253 aa  185  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
250 aa  185  5e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
248 aa  185  7e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  45.31 
 
 
253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
282 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
250 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
251 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
250 aa  179  4.999999999999999e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
253 aa  178  5.999999999999999e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  45.24 
 
 
251 aa  178  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
267 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
251 aa  178  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
253 aa  177  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  43.5 
 
 
249 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.9 
 
 
253 aa  177  1e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  42.39 
 
 
251 aa  177  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
251 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
272 aa  176  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
256 aa  176  3e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.58 
 
 
250 aa  176  4e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
256 aa  176  5e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
251 aa  176  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
250 aa  175  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.74 
 
 
262 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  43.5 
 
 
262 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
257 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
249 aa  174  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
251 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
246 aa  172  5.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
253 aa  172  5.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.27 
 
 
249 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  42.17 
 
 
259 aa  171  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
255 aa  171  9e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
261 aa  171  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  41.13 
 
 
272 aa  171  1e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  41.13 
 
 
272 aa  171  1e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
253 aa  171  1e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
255 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.52 
 
 
262 aa  171  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
259 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  45.9 
 
 
253 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  44.27 
 
 
257 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
263 aa  169  4e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.87 
 
 
246 aa  169  5e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
248 aa  169  6e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
256 aa  169  6e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
251 aa  168  8e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42 
 
 
249 aa  167  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 
249 aa  167  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
252 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
263 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
252 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.06 
 
 
246 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.33 
 
 
252 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.56 
 
 
252 aa  167  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
246 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
275 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.216969  normal  0.388897 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.92 
 
 
252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.92 
 
 
252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  41.34 
 
 
253 aa  166  4e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
262 aa  166  4e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3036  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.92 
 
 
252 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0329583  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4222  putative Levodione reductase  41.7 
 
 
257 aa  165  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.15 
 
 
255 aa  166  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
254 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  40.56 
 
 
272 aa  165  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
250 aa  165  5.9999999999999996e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
252 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.17 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.92 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.3 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
249 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4572  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  43.08 
 
 
258 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  41.13 
 
 
255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.04 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>