More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4194 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  100 
 
 
253 aa  510  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  85.38 
 
 
253 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  85.38 
 
 
253 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  83.79 
 
 
253 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  83 
 
 
253 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  82.61 
 
 
253 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  79.05 
 
 
253 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  79.45 
 
 
253 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.63 
 
 
253 aa  364  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 
252 aa  268  8e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  52.76 
 
 
255 aa  263  2e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  52.8 
 
 
251 aa  248  5e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
256 aa  248  5e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.82 
 
 
257 aa  248  9e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  51.21 
 
 
249 aa  238  8e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  48.79 
 
 
256 aa  237  1e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
258 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
253 aa  235  5.0000000000000005e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
272 aa  227  1e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
248 aa  228  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.97 
 
 
262 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.62 
 
 
265 aa  223  2e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.69 
 
 
253 aa  222  4.9999999999999996e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.57 
 
 
282 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.22 
 
 
255 aa  220  1.9999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.97 
 
 
255 aa  219  3e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
256 aa  219  3.9999999999999997e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.21 
 
 
250 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.46 
 
 
255 aa  215  7e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
252 aa  211  5.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.4 
 
 
255 aa  211  7.999999999999999e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
251 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
252 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.9 
 
 
260 aa  209  3e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
255 aa  208  7e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.69 
 
 
255 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48 
 
 
253 aa  207  2e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.4 
 
 
250 aa  205  7e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
252 aa  204  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 
258 aa  202  3e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
252 aa  201  9e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
257 aa  201  9e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
252 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.352293  normal  0.915226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  45.63 
 
 
251 aa  200  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3036  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
252 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0329583  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
252 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
252 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
252 aa  198  7e-50  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
258 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
249 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.04 
 
 
251 aa  197  1.0000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
251 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
258 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 
252 aa  195  5.000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
254 aa  195  6e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
252 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
264 aa  194  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  43.58 
 
 
253 aa  193  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
254 aa  193  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.39 
 
 
248 aa  194  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
258 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
252 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
250 aa  191  8e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
258 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
258 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
255 aa  190  2e-47  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
251 aa  190  2e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
255 aa  190  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.04 
 
 
302 aa  190  2e-47  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
246 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
251 aa  189  4e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
252 aa  189  4e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
251 aa  189  4e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
257 aa  189  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
256 aa  189  5e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
256 aa  187  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
267 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
254 aa  186  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
250 aa  186  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02320  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
254 aa  186  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.278607  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  42.06 
 
 
257 aa  186  3e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  44.26 
 
 
262 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3193  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
255 aa  186  4e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1600  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
248 aa  185  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766796  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
271 aa  185  5e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  41.53 
 
 
248 aa  184  8e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
252 aa  184  8e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
265 aa  184  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
248 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3076  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
285 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  40 
 
 
259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
252 aa  184  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.566971  normal  0.585219 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1363  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
254 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000027503  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
253 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
251 aa  182  4.0000000000000006e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.03 
 
 
249 aa  182  6e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
260 aa  182  6e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>